Salminus franciscanus é endêmica do Brasil e da bacia do rio São Francisco, nos estados de BA e MG. É uma espécie ainda comum no rio São Francisco, mesmo em trechos bastante impactados. Provavelmente sofreu redução, mas ainda é uma das espécies mais importantes na pesca nesse rio. A principal ameaça à ocorrência desta espécie na bacia é o aumento da fragmentação por barramentos planejados para o curso médio e principais afluentes. Apesar dessas ameaças, não existem evidências que coloquem a espécie em risco de extinção em um futuro próximo. Por isso, Salminus franciscanus foi categorizada como Menos Preocupante (LC).