Justificativa e objetivos: muitos pacientes com COVID-19 necessitam de hospitalização devido às complicações respiratórias graves, e são submetidos a cuidados intensivos com suporte de ventilação mecânica (VM). Associado a esse quadro, verifica-se o aumento de coinfecções fúngicas, que tem impacto negativo no desfecho da COVID-19. Nesse sentido, este estudo pretendeu comparar a incidência de Candida spp. no trato respiratório de pacientes internados nas Unidades de Terapia Intensiva (UTI) COVID e Geral em um hospital escola em 2021. Métodos: foram avaliados os resultados de amostras de aspirado traqueal protegido provenientes de 556 pacientes internados na UTI COVID e 260 na UTI Geral, bem como os respectivos prontuários. Resultados: dos pacientes analisados, 38 revelaram amostra positiva para Candida na UTI COVID e 10 na UTI Geral, com incidência de 68,3/1000 e 38,5/1000, respectivamente. O sexo masculino foi predominante em ambas as alas. A faixa etária mais acometida foi a população acima de 60 anos, e a média de internação para a UTI COVID foi de 22,1 anos, e para a UTI Geral, 24,2. Conclusão: Candida albicans foi a espécie isolada com maior frequência, e a taxa de mortalidade em pacientes com positivos para Candida foi maior em pacientes com COVID-19 em relação aos pacientes da UTI Geral, sugerindo que pacientes infectados com SARS-CoV-2, internados em UTI sob VM, são mais predispostos à colonização por Candida spp., que pode ter um desfecho fatal nesses pacientes.