Autoimmunerkrankungen haben spezifische pathophysiologische Mechanismen, die zu einem erhöhten Risiko für arterielle und venöse Thrombosen führen. Das Risiko einer venösen Thromboembolie (VTE) variiert je nach Art und Stadium der Erkrankung sowie der begleitenden Therapie. In dieser Übersichtsarbeit werden die häufigsten Autoimmunerkrankungen wie Anti-Phospholipid-Syndrom, entzündliche Myositis, Polymyositis und Dermatomyositis, rheumatoide Arthritis, Sarkoidose, Sjögren-Syndrom, autoimmunhämolytische Anämie, systemischer Lupus erythematodes, systemische Sklerose, Vaskulitis und chronisch-entzündliche Darmerkrankungen behandelt. Darüber hinaus geben wir einen Überblick über die Pathophysiologie, die für das VTE-Risiko bei jeder Autoimmunerkrankung verantwortlich ist, und berichten über die aktuellen Indikationen für eine gerinnungshemmende Therapie zur Primär- und Sekundärprävention von VTE.