Improving Taxonomic Delimitation of Fungal Species in the Age of Genomics and Phenomics

Stengel, Ashley; Stanke, Kimberly M.; Quattrone, Amanda C.; Herr, Joshua R.

doi:10.3389/fmicb.2022.847067

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“…Entre los micólogos, se han utilizado diferentes conceptos para definir las especies fúngicas (15)(16)(17). El enfoque más clásico, con muchas disparidades taxonómicas, es el concepto morfológico (fenotípico) que define una especie con base en sus características morfológicas e, idealmente, por las diferencias entre ellas.…”

Section: ¿Qué Se Considera Una Especie Fúngica?unclassified

“…Los avances en biología molecular y su aplicación para el estudio de los genomas, además de las herramientas bioinformáticas que permiten análisis filogenéticos de mayor validez estadística, generaron el concepto de especie filogenética, ampliamente acogido por la comunidad científica, pero sin lograr su consenso (17). Sin embargo, este concepto ha tenido gran impacto en el posicionamiento taxonómico, pero con un efecto sutil en la clasificación de aquellos microorganismos asociados con enfermedades.…”

Section: ¿Qué Se Considera Una Especie Fúngica?unclassified

“…En este sentido, Vellinga et al (18) propusieron unos criterios para introducir nuevos géneros fúngicos. No obstante, para el nivel de especie, no ha sido posible alcanzar un acuerdo entre las numerosas revisiones y propuestas (15,17).…”

Section: ¿Qué Se Considera Una Especie Fúngica?unclassified

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Taxonomía de los hongos: un rompecabezas al que le faltan muchas piezas

Rúa-Giraldo

2023

biomedica

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Los hongos son organismos polifacéticos presentes en casi todos los ecosistemas de la tierra, donde establecen diversos tipos de simbiosis con otros seres vivos. A pesar de ser reconocidos por los humanos desde la antigüedad –y de la cantidad de trabajos que han profundizado sobre su biología y ecología–, aún falta mucho por conocer sobre estos organismos.Algunos de los criterios que clásicamente se han utilizado para su estudio, hoy resultan limitados y hasta cierto punto permiten un agrupamiento de los aislamientos según algunas características, pero generan confusión en su clasificación y, más aún, cuando se pretende comprender sus relaciones genealógicas.Los caracteres fenotípicos no son suficientes para identificar una especie de hongos y, menos aún, para construir una filogenia amplia o de un grupo particular. Hay grandes vacíos que hacen que los árboles generados sean inestables y fácilmente debatidos.Para los profesionales de la salud, parece que la identificación de los hongos hasta niveles inferiores como género y especie es suficiente para elegir el tratamiento más adecuado para su control, comprender la epidemiología de los cuadros clínicos asociados y reconocer los brotes y los factores determinantes de la resistencia a los antimicrobianos. No obstante, la ubicación taxonómica dentro del reino permitiría establecer relaciones filogenéticas entre los taxones fúngicos, facilitando la comprensión de su biología, su distribución en la naturaleza y la evolución de su potencial patogénico.

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Section: ¿Qué Se Considera Una Especie Fúngica?unclassified

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Taxonomía de los hongos: un rompecabezas al que le faltan muchas piezas

Rúa-Giraldo

2023

biomedica

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“…Therefore, multi-locus sequence analysis is currently in use as a reliable approach, for the identification and phylogeny of Aspergillus [ 2 ]. To accurately identify Aspergillus , a polyphasic approach which includes morphological, molecular, as well as ecological analysis, and extrolite profiling has been proposed [ 15 ].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Re-Identification of Aspergillus Subgenus Nidulantes Strains and Description of Three Unrecorded Species From Korea

Mageswari,

Choi,

Thao

et al. 2024

Mycobiology

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: Aspergillus subgenus Nidulantes with nine section forms the second largest subgenus of the fungi that comes under the genus Aspergillus. Species in this group of fungi are important as they are reported to play several important roles in the environment including influencing air quality in confined spaces, food spoilage, production of mycotoxins as well as in human pathogenicity. In the present study, 53 strains of Aspergillus subgenus Nidulantes (section: Nidulantes & Usti ) isolated from Korea and preserved at the Korean Agricultural Culture Collection (KACC) were subjected to re-identification by using a combined dataset of partial β-tubulin ( BenA ), Calmodulin ( CaM ) gene sequences as well as their morphological data. We confirmed 14 species from 53 isolates in Korea. Of them, eleven species were reported in Korea previously ( A. amoenus , A. baeticus , A. calidoustus , A. creber , A. insuetus , A. jensenii , A. nidulans , A. protuberus, A. sydowii , A. tabacinus and A. unguis ), and three species ( A. griseoaurantiacus , A. puulaauensis and A. sublatus ) were previously unreported from Korea. We detailed the characteristic features of these three species, that remain unexplored in Korea.

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“…In the last two decades, morphology-based identification was often found to be misleading, especially within the Aspergillus sections due to the occurrence of cryptic species [ 7 ]. Therefore, for accurate identification of Aspergillus , a polyphasic approach has been proposed which includes morphological analysis as well as molecular analysis, ecology, and extrolite profiling [ 8 ]. Basically, current identification and phylogeny of Aspergillus can be majorly relied on DNA barcodes which include internal transcribed spacer (ITS) region, Calmodulin ( CaM ), β-tubulin ( BenA ), and the RNA polymerase II second largest subunit ( RPB2 ) [ 2 ].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Re-Identification of Aspergillus Subgenus Circumdati Strains in Korea Led to the Discovery of Three Unrecorded Species

Mageswari,

Choi,

Thao

et al. 2023

Mycobiology

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Aspergillus is one of the largest and diverse genera of fungi with huge economical, biotechnological, and social significance. Taxonomically, Aspergillus is divided into six subgenera comprising 27 sections. In this study, 235 strains of Aspergillus subgenus Circumdati (section: Candidi , Circumdati , Flavi , Flavipedes , Nigri, and Terrei ) preserved at the Korean Agricultural Culture Collection (KACC) were analyzed and re-identified using a combined dataset of partial β-tubulin ( BenA ), Calmodulin ( CaM ) gene sequences and morphological data. We confirmed nineteen species to be priorly reported in Korea ( A. neotritici , A. terreus , A. floccosus , A. allahabadii , A. steynii , A. westerdijkiae , A. ochraceus , A. ostianus , A. sclerotiorum , A. luchuensis , A. tubingensis , A. niger , A. welwitschiae , A. japonicus , A. nomius , A. tamarii , A. parasiticus , A. flavi , and A. oryzae ). Among the studied strains, three species ( A. subalbidus , A. iizukae , and A. uvarum ), previously unreported or not officially documented, were discovered in Korea, to the best of our knowledge. We have given a detailed description of the characteristic features of the three species, which remain uncharted in Korea.

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Improving Taxonomic Delimitation of Fungal Species in the Age of Genomics and Phenomics

Abstract: Graphical AbstractEnhanced resolution of spices boundaries.

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Taxonomía de los hongos: un rompecabezas al que le faltan muchas piezas

Taxonomía de los hongos: un rompecabezas al que le faltan muchas piezas

Re-Identification of Aspergillus Subgenus Nidulantes Strains and Description of Three Unrecorded Species From Korea

Re-Identification of Aspergillus Subgenus Circumdati Strains in Korea Led to the Discovery of Three Unrecorded Species

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