Ce travail vise à faire l'étude taxonomique des diatomées pennales récoltées dans la lagune de Fresco en Côte d'Ivoire. Le manque d'information sur ce groupe d'algues, justifie la présente étude. Des échantillonnages mensuels ont été réalisés de Mars 2007 à Décembre 2008 sur cinq stations. Le phytoplancton a été récolté à l'aide d'un filet à plancton de 20 μm de vide de maille et les échantillons ont été fixés à l'aide du formol de commerce à la concentration finale de 5%. Un microscope ordinaire BX40 muni d'un micromètre objet, a été utilisé pour les observations des différents taxons. Les identifications ont été faites à l'aide de divers ouvrages de différents auteurs. A l'issu des différentes manipulations, 30 taxons répartis en 2 classes, 5 ordres, 8 familles, et 16 genres ont été identifiés. La communauté algale de la lagune de Fresco est dominée par les espèces marines (14 taxons). Les stations 4 et 5 présentent les richesses floristiques les plus élevées, avec 21 taxons pour chacune des stations. Meridion circulare, Pinnularia legumen, Navicula humerosa, Gyrosigma diminutum, Campylodiscus eximus, Surirella ovata, Surirella robusta, sont signalées pour la première fois en Côte d'Ivoire.