Identifikasi Jenis Pada Kejadian Cetacea Terdampar Di Indonesia Dengan Teknik Molekuler

Abstract

Kasus Cetacea atau Paus dan Lumba-lumba terdampar di Indonesia sejak berapa tahun terakhir ini semakin sering terungkap dan ditangani oleh banyak pihak. Data dari Whale Stranding Indonesia (WSI) mencatat 40 kasus Cetacea terdampar di berbagai tempat di Indonesia selama tahun 2016 hingga bulan Februari 2017. Salah satu kendala bagi para penyelamat di lapangan adalah sulitnya mengidentifikasi jenis secara morfologi karena pada beberapa kasus, individu yang terdampar tidak dalam kondisi utuh. WSI mencatat lebih dari 21% jenis pada kejadian Cetacea terdampar di Indonesia, tidak teridentifikasi. Penelitian ini bertujuan memperkenalkan pendekatan genetika molekuler dalam mengidentifikasi jenis pada Cetacea terdampar. Gen Control Region dari DNA mitokondria diamplifikasi dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Data sekuen dibandingkan dengan data di genebank dan dilihat persentase kesamaannya. Penelitian ini menggunakan 36 sampel individu dan 26 diantaranya teramplifikasi dengan panjang basa berkisar antara 445-490 bp (base pair). Metode molekuler berhasil mengidentifikasi 15 spesies dan 13 genus Cetacea yang diambil dari beberapa tempat di Indonesia. Studi ini menunjukkan bahwa teknik genetika molekuler dapat dijadikan metode untuk mengidentifikasi jenis dari Cetacea, terutama mamalia terdampar yang sulit untuk diidentifikasi secara morfologi. Data molekuler yang dihasilkan dapat melengkapi database yang ada di Indonesia serta menjadi penunjang bagi penelitian tentang keragaman genetik dan hubungan antar populasi mamalia akuatik di Indonesia.

Histopatologi Lumba-Lumba Fraser (Lagenodelphis hosei) yang Terdampar di Pandeglang, Banten

“…Peristiwa terdamparnya mamalia laut seringkali tiap tahun terjadi, dan mendapat perhatian luas dari berbagai kalangan (Nugraha et al, 2020;Yusmalinda et al, 2017). Cetacean yang terdampar berupa paus, lumba-lumba, dugong, porpoise dan spesies yang tidak teridentifikasi dari berbagai wilayah di Indonesia.…”

DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA

“…Penelitian sebelumnya mengenai barcode DNA pada paus sperma telah dilakukan di Indonesia menggunakan gen yang berbeda dari penelitian ini yaitu 16S rRNA (Kamal et al 2021) dan control region (Yusmalinda et al 2017). Dalam penelitian ini, COI dapat diterapkan dan berhasil mengungkap taksonomi dari paus sperma di Indonesia.…”

Karakter Morfologi dan Identifikasi Molekuler dengan Menggunakan Marka Gen 12S rRNA pada Ikan Baronang (Siganus spp.) di Perairan Laut Selatan Pulau Lombok

“…Gen 12S rRNA dan beberapa gen laiinnya seperti COX1, dan ND4L merupakan salah satu daerah unik yang terdapat pada genom mitokondria dan umumnya digunakan untuk studi filogenetik dan identifikasi spesies (Hou et al, 2006;Baaka, 2013;Singh et al, 2015). PCR dilakukan dalam 25 µL reaksi yang terdiri dari 1 µL DNA hasil ekstraksi, 2,5 µL 10x PCR buffer (Applied Biosystems), 2,5 µL 10 mMdNTPs, masing-masing 1,25 µL primer dengan konsentrasi 10 mM, 2 µL 25 mM MgCl2, 0,125 µL AmplyTaq™ (Applied Biosystems) dan 14,5 µL ddH2O (Yusmalinda et al, 2017). Reaksi dilakukan dalam 38 siklus menggunakan teknik "Hotstart" dengan parameter sebagai berikut: predenaturasi dilakukan pada suhu 80oC selama 10 detik dan 94 o C selama 15 detik, kemudian dilanjutkan dengan tahap denaturasi pada suhu 94 o C (30 detik), penempelan primer atau annealing pada suhu 50oC (30 detik), pemanjangan rantai nukleotida atau extension selama 45 detik pada suhu 72oC dan siklus pemanjangan untai ganda di akhir amplifikasi selama 5 menit pada suhu 72oC.…”