Regiones codifi cantes con baja cobertura en la secuenciaci贸n masiva de genes de hipoacusia no sindr贸mica autos贸mica dominante
ResumenIntroducci贸n: La hipoacusia es una de las alteraciones sensoriales m谩s frecuentes, afectando aproximadamente a uno de cada 500 nacimientos, y pudiendo producirse a cualquier edad en individuos sanos. Gracias a las t茅cnicas de secuenciaci贸n masiva, como el an谩lisis del exoma completo, y al uso de estrictos protocolos de fi ltrado de variantes, se han identi fi cado m谩s de 100 loci relacionados con la hipoacusia no sindr贸mica. El objeti vo de este estudio es dise帽ar un protocolo para la identi fi caci贸n de las secuencias nucleot铆 dicas de baja cobertura a parti r de datos de secuenciaci贸n de exoma, parti cularmente en los genes causales de hipoacusia no sindr贸mica autos贸mica dominante. Materiales y m茅todos: Cincuenta y cinco individuos (15 pacientes con enfermedad de Meniere y 40 controles) fueron seleccionados para llevar a cabo un an谩lisis gen贸mico mediante secuenciaci贸n de exoma completo. Los exones de los genes asociados a hipoacusia no sindr贸mica autos贸mica dominante de estas 55 muestras fueron analizados mediante el soft ware Integrati ve Genome Viewer. Los datos de cobertura se contrastaron con las bases de datos de secuencias de exoma y genoma actuales. Finalmente, se simularon las estructuras primaria y secundaria de las secuencias implicadas con la herramienta bioinform谩ti ca mfold. Resultados: Trece de los 34 genes de hipoacusia no sindr贸mica autos贸mica dominante presentaron una baja cobertura. Veinte de las 24 secuencias ex贸nicas con baja cobertura presentaban un contenido de GC m谩s elevado del considerado como 贸pti mo, y todas ellas conten铆an, al menos, una estructura secundaria. Los genes con un mayor n煤mero de exones con baja cobertura son MYH14, WFS1 y P2RX2. Conclusiones: 1.La secuenciaci贸n del exoma humano muestra que muchos de los genes de hipoacusia autos贸mica no sindr贸mica dominante presentan baja cobertura en algunos de sus exones.
2.El an谩lisis del contenido de guaninas y citosinas, y la presencia de estructuras secundarias determinan secuencias espec铆fi cas con problemas de lectura.
3.Es necesario validar los resultados obtenidos por la Secuenciaci贸n de Nueva Generaci贸n para evitar posibles falsos positi vos.
AbstractIntroducti on: Hearing loss is one of the most frequent sensory alterati ons, aff ecti ng approximately one in 500 births, and it may occur de novo at any age in healthy individuals. Thanks to massive sequencing techniques, such as whole exome sequencing, and the use of strict variant fi ltering protocols, more than 100 loci related to non-syndromic hearing loss have been identi fi ed. The aim of this study is to design a protocol for the identi fi cati on of low coverage nucleoti de sequences from exome sequencing data, parti cularly in the genes responsible for non-syndromic autosomal dominant hearing loss. Materials y methods: Fift y-fi ve individuals (15 cases with Meniere's disease and 40 controls) were selected to perform a genomic analysis...