Identification of QTLs for cold tolerance at seedling stage in rice (<i>Oryza sativa</i>L.)

Verma, Satish; Xalxo, Mary Suchita; Saxena, R. R.; Verulkar, S. B.

doi:10.5958/j.0975-6906.74.1.012

Cited by 8 publications

(7 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…LTS tolerance in rice is a very complex and polygenic trait that is genetically controlled by multiple QTLs. Several LTS tolerance QTLs have been mapped on different genomic regions distributed on all 12 rice chromosomes using various types of molecular markers such as RFLP, AFLP, SSR, STS, and SNP, which has facilitated the identification of chromosomal regions associated with tolerance of low temperature (Andaya and Tai 2006;Lou et al 2007;Ji et al 2010;Ye et al 2010;Jena et al 2012;Verma et al 2014;Satoh et al 2016;Wang et al 2016a;Jiang et al 2017).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Identification of main-effect quantitative trait loci (QTLs) for low-temperature stress tolerance germination- and early seedling vigor-related traits in rice (Oryza sativa L.)

et al. 2020

View full text Add to dashboard Cite

An attempt was made in the current study to identify the main-effect and co-localized quantitative trait loci (QTLs) for germination and early seedling growth traits under low-temperature stress (LTS) conditions in rice. The plant material used in this study was an early backcross population of 230 introgression lines (ILs) in BC I F 7 generation derived from the Weed Tolerant Rice-1 (WTR-1) (as the recipient) and Haoannong (HNG) (as the donor). Genetic analyses of LTS tolerance revealed a total of 27 main-effect quantitative trait loci (M-QTLs) mapped on 12 chromosomes. These QTLs explained more than 10% of phenotypic variance (PV), and average PV of 12.71% while employing 704 high-quality SNP markers. Of these 27 QTLs distributed on 12 chromosomes, 11 were associated with low-temperature germination (LTG), nine with low-temperature germination stress index (LTGS), five with root length stress index (RLSI), and two with biomass stress index (BMSI) QTLs, shoot length stress index (SLSI) and root length stress index (RLSI), seven with seed vigor index (SVI), and single QTL with root length (RL). Among them, five significant major QTLs (qLTG(I) 1 , qLTGS(I) 1-2 , qLTG(I) 5 , qLTGS(I) 5 , and qLTG(I) 7) mapped on chromosomes 1, 5, and 7 were associated with LTG and LTGS traits and the PV explained ranged from 16 to 23.3%. The genomic regions of these QTLs were co-localized with two to six QTLs. Most of the QTLs were growth stage-specific and found to harbor QTLs governing multiple traits. Eight chromosomes had more than four QTLs and were

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Identification of main-effect quantitative trait loci (QTLs) for low-temperature stress tolerance germination- and early seedling vigor-related traits in rice (Oryza sativa L.)

et al. 2020

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…qSPA-1 and qCTS-1 on chromosome 1 (Park et al, 2013;Liu et al, 2013;Juan et al, 2010); qCTS-2 on chromosome 2 (Lou et al, 2007;Liu et al, 2013); qCTS-12 on chromosome 12 Suh et al, 2013;Anandya et al, 2006). Likewise, Suh et al (2013);Verma et al (2014) also found approximately the same region of Chromosome 3 with LOD score greater than 3. So the flanking marker of this region can be used for screening of the rice Germplasm for cold tolerance at seedling stage.…”

Section: Ir66160-121-4-4-2 (T) and Geumobyeo (S)mentioning

confidence: 70%

“…The availability of saturated molecular maps enables scientists to work for betterment of the complex traits like cold tolerance using QTL (Price et al, 2002). The molecular linkage map for cold tolerance of rice at seedling stage has been reported (Park et al, 2013;Verma et al, 2014;Zhang et al, 2014). Breeders aim to develop rice germplasm that can produce high and stable yields in regions where low temperatures are found.…”

Section: Qtl For Cold Tolerancementioning

confidence: 99%

QTL Mapping for Cold Tolerance at the Seedling Stage in Rice

Singh¹,

Singh²,

Meetei³

et al. 2016

IJBSM

View full text Add to dashboard Cite

“…Анализ работ других авторов показал что локусы, связанные с формированием всходов, локализованы на всех хромосомах риса, причем у разных образцов они неодинаковы. Для маркирования использовались дигаплоидные и рекомбинантные или беккроссные инбредные линии, гибриды второго и третьего поколений (от 80 до 2800 образцов) (24,34,35). Результативность исследований также различалась.…”

unclassified

“…Локус на 9-й хромосоме участвовал в формировании признаков масса проростка и длина колеоптиля, два локуса были обнаружены на 5-й хромосоме, три -на 4-й, один -на 12-й. О локусах qCTS-9 и qCTS-12 со значительным фенотипическим эффектом (от 5,5 до 22,4 %) на 9-й и 12-й хромосомах ранее сообщали китайские и индийские ученые, работавшие преимущественно с популяциями на основе межподвидовых гибридов (34,35). На 5-й и 4-й хромосомах у подвида indica также было обнаружено от одного до трех локусов, влияющих на формирование признаков (25,37).…”

unclassified

MOLECULAR MARKERS ASSOCIATED WITH HIGH EARLY GROWTH RATE OF RUSSIAN RICE (Oryza sativa L.) VARIETIES

Kharitonov¹

2019

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Высокая скорость роста-признак, который в значительной степени определяет физиологические преимущества гетерозисных гибридов различных культур. Быстрое развитие листового аппарата и корневой системы обеспечивает высокую эффективность фотосинтеза и минерального питания. Гетерозисные гибриды быстро проходят фазу, характеризующуюся низкой устойчивостью к абиотическим стрессовым факторам, что значительно снижает вероятность повреждения всходов. Скорость роста связана с генами, определяющими высоту растения. Наследуемость признаков, характеризующих эффективность роста проростка, его массу и длину корня и стеблей, составляет 87-90 %. В настоящей работе мы впервые обнаружили локусы, определяющие формирование признака скорость роста в период прорастания у отечественных сортов риса (Oryza sativa L.). Целью работы было выявление локусов и хромосомных регионов, а также изучение генетики признаков, обусловливающих быстрое получение и развитие всходов риса. Опыты проводили в 2013-2019 годах. Коллекционные образцы (32 сорта российской селекции) и гибриды риса изучали общепринятыми методами. Семенной материал обрабатывали 20 % стерилизующим раствором (гипохлорит натрия с содержанием активного хлора 95,2 %, ООО «Гринфилд РУС», Россия) в течение 40 мин с целью стерилизации. Проращивали по 30 зерновок каждого образца (в 2 повторностях) при температуре 28-29 С в термостате в течение 7 сут. У 20 растений каждого сорта или гибрида определяли массу проростка, размеры колеоптиля и зародышевого корня. Гибридизацию между сортами с контрастными признаками проводили твелл-методом (метод Борлоуга) по полной диаллельной схеме. Полиморфизм изучали с помощью 60 нейтральных или ассоциированных с высокой скоростью роста проростков SSR маркеров, распределенных по 12 хромосомам риса. Массу проростков российских сортов определяли локусы, расположенные на четырех хромосомах. Выявлены маркеры, позволяющие изучить их полиморфизм: RM261, RM405, RM463, RM242, RM6314, RM289, RM126. Два хромосомных региона на 4-й и 9-й хромосомах обусловливали длину зародышевого корня, а высоту проростка-локус на 5-й хромосоме, расположенный в районе маркера RM289. Показана возможность упростить методику выявления хромосомных регионов, детерминирующих величину признаков, при изучении неизвестных образцов. Для выявления маркеров с максимальным фенотипическим эффектом проявления признаков можно использовать групповую селекцию (bulk breeding). Для этого нет необходимости создавать популяции для маркирования признака типа рекомбинантных инбредных линий (recombinant inbred lines, RILs) или дигаплоидных линий (doubled haploid, DН) и фенотипировать их. Гораздо больше информации дает использование сортов, контрастных по признаку, что в короткие сроки позволяет определить наиболее важные для формирования признака локусы. Полученная информация позволит установить маркеры, тесно сцепленные с генами, определяющими признак в выявленном хромосомном регионе (http://www.gramene.org). В дальнейшей работе можно использовать именно эти маркеры, если изучение полиморфизма подтвердит возможн...

show abstract

Identification of QTLs for cold tolerance at seedling stage in rice (Oryza sativaL.)

Cited by 8 publications

References 0 publications

Identification of main-effect quantitative trait loci (QTLs) for low-temperature stress tolerance germination- and early seedling vigor-related traits in rice (Oryza sativa L.)

Identification of main-effect quantitative trait loci (QTLs) for low-temperature stress tolerance germination- and early seedling vigor-related traits in rice (Oryza sativa L.)

QTL Mapping for Cold Tolerance at the Seedling Stage in Rice

MOLECULAR MARKERS ASSOCIATED WITH HIGH EARLY GROWTH RATE OF RUSSIAN RICE (Oryza sativa L.) VARIETIES

Contact Info

Product

Resources

About