Identification of novel regulatory factor X (RFX) target genes by comparative genomics in Drosophila species

Abstract

Novel RFX target genes <p>An RFX-binding site is shown to be conserved in the promoters of a subset of ciliary genes and a subsequent screen for this site in two Drosophila species identified novel RFX target genes that are involved in sensory ciliogenesis.</p> Abstract Background: Regulatory factor X (RFX) transcription factors play a key role in ciliary assembly in nematode, Drosophila and mouse. Using the tremendous advantages of comparative genomics in closely related species, we identified novel genes regulated by dRFX in Drosophila.

RFX3 governs growth and beating efficiency of motile cilia in mouse and controls the expression of genes involved in human ciliopathies

“…Several RFX target genes identified in these two organisms are involved in IFT (Avidor-Reiss et al, 2004;Blacque et al, 2005;Chen et al, 2006;Efimenko et al, 2006;Efimenko et al, 2005;Haycraft et al, 2003;Haycraft et al, 2001;Laurencon et al, 2007;Li et al, 2004;Schafer et al, 2003;Swoboda et al, 2000). In addition, the expression of Drosophila and nematode orthologs of genes involved in the Bardet-Biedl syndrome (BBS) is also regulated by RFX proteins (Ansley et al, 2003;Blacque et al, 2005;Chen et al, 2006;Efimenko et al, 2005;Laurencon et al, 2007). We therefore investigated whether RFX3 also regulates the expression of these conserved ciliary genes in mice.…”

Methods to Study Centrosomes and Cilia in Drosophila

“…Note: This table is not an exhaustive list of all centrosome and cilia components mapped. Due to space constrain, only references for mutants and/or markers for each gene are mentioned in the list [15,16,19,21,31,[35][36][37][38][39][40][41][42][43][44][45][46][47][48][49][50][51]. Also, for more information about the genes visit www.flybase.org.…”

Contrôle transcriptionnel des gènes ciliaires

“…Plusieurs études suggèrent que ces familles de facteurs de transcription coopèrent dans la biogenèse des cils mobiles. En effet, outre leur expression dans les tissus possédant des cils mobiles, les facteurs RFX régulent l'expression de gènes impliqués dans les fonctions des cils associées à leur motilité, tels que Dnah9 (dynein, axonemal heavy chain 9), qui est également une cible de FOXJ1 [27,31]. Des expé-riences réalisées chez la souris, le poisson zèbre et dans les cellules respiratoires humaines, montrent que FOXJ1 induit l'expression des gènes RFX3 et RFX2 pendant la différen-ciation des cils mobiles [24,26,32].…”

“…Une représentation schématique de l'ultrastructure est rappelée pour chaque cil pris en exemple. [31], est nécessaire à la motilité des cils via le contrôle de l'assemblage des bras de dynéine chez le poisson zèbre [43]. Il en est de même pour le gène chibby, également identifié comme cible de RFX, et qui joue un rôle crucial dans la biogenèse de la zone de transition chez la drosophile et pour la mise en place des cils mobiles chez la souris [44,45].…”