Pertek jeotermal alanı, Tunceli ilinin güneybatısındaki Singeç vadisi yakınında yer almaktadır ve hidrojeolojik ve jeotermal olarak şimdiye kadar çalışılmamıştır. Alandaki en baskın kaya tipi, esas olarak kireçtaşı ve mermerden oluşan Paleozoyik yaşlı Keban Metamorfitleri'dir. Mesozoyik ve Senozoyik yaşlı magmatik ve sedimanter birimler ise yaşlıdan gence doğru Pertek Magmatitleri (Üst Kretase), Harami Formasyonu (Maestrihtiyen), Kırkgeçit Formasyonu (Orta Eosen-Üst Oligosen), Karabakır Formasyonu (Üst Miyosen-Pliyosen) ve alüvyon (Kuvaterner) dur. Esas olarak kireçtaşı ve mermerden oluşmuş Keban Metamorfitleri, Pertek Magmatitleri tarafından intrüzyona uğramış ve yer yer Kırkgeçit Formasyonu tarafından örtülmüştür. Tektonik olarak oldukça aktif bir bölgede bulunan Pertek jeotermal alanında, Keban Metamorfitleri'nin Pertek Magmatitleri üzerine bindirmesi, doğrultu atımlı Pertek Fayı'nın ve normal faylar ile makaslama kırıklarının etkisiyle, Keban Metamorfitleri'nin porozite ve permeabilitesi çok artmış ve akifer özelliği kazanmıştır. Bu nedenle, Pertek jeotermal alanındaki hem soğuk hem de sıcak suların hazne kayasını oluşturmuştur. Bu hazne kayanın ana beslenme sahası Singeç vadisinin kuzeyinde, boşalma alanı ise bu vadinin güneyindedir. Bu beslenme sahasında, sadece sınırlı alanlarda, yarı geçirimli sedimenter (Kırkgeçit Formasyonu) ve volkanik örtü kayaları (Karabakır Formasyonu) bulunduğu için, Pertek jeotermal sistemi bir açık sistemdir. Hem sıcak hem de soğuk sularda en fazla bulunan katyon Ca +2 , anyon ise HCO 3 dır. IAH (1979) su sınıflandırma yöntemine göre, sıcak ve soğuk sular, soğuk mineralli su ve dere suyu Ca-Mg-HCO3 tipinde, Keban barajının göl suları ise Ca-Mg-HCO3-SO4 tipindedir. Soğuk kaynak suları içilebilir özellikte, fakat sıcak ve soğuk mineralli sulardaki Ca, Mg, K, Mn, As ve B gibi elementlerin derişimi içme suyu standartlarının üzerindedir. Sıcak sular genel olarak kalsit, aragonit, kalsedon, kuvars ve dolomit minerallerine doygundur. Rezervuar sıcaklıkları silis ve katyon jeotermometre hesaplamalarına göre 74-105°C arasında değişmektedir. Entalpi-silis karışım modeline göre rezervuar sıcaklığı 80-225°C arasında ve sıcak suya soğuk su karışımının oranı ise %60-88 arasındadır. İzotop analizlerine göre, Pertek jeotermal alanındaki soğuk sular sığ, sıcak sular derin dolaşımlı, meteorik kökenli ve sırasıyla modern ve sub-modern sulardır.