La gestion des ressources génétiques inclut l'ensemble des actions qui ont pour cible la diversité génétique d'une espèce. La stratégie de gestion envisagée ici pour la truite commune, pourrait être transposée, dans ses grandes lignes, à d'autres espèces de poissons. Deux niveaux d'intervention peuvent être distingués : la préservation de ressources génétiques de l'espèce et la propagation ou le maintien de génotypes et de populations ayant des niveaux de performances requis.
I. CONSERVATION DE LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUESon objectif est de préserver le potentiel d'adaptation d'une espèce à de nouvelles conditions de milieu naturel ou d'élevage et les caractéristiques originales de certaines populations. Des actions de conservation des ressources génétiques végétales (JAIN, 1977) et animales (MOLENAT et VERRIER, 1989) sont depuis longtemps engagées. Ce type d'action devient nécessaire dans le cas des espèces de poissons en raison du développement de l'élevage et des repeuplements : à partir des valeurs d'hétérozygotie et de distances génétiques observées chez la truite commune, il est possible de montrer que la substitution des souches domestiques aux populations naturelles conduit à une perte de variabilité génétique supérieure à 50% ( fig. 6, 3 e chapitre) sur les seuls bassins hydrographiques français. Chez les mammifères et oiseaux domestiques, l'identification des races locales à préserver est basée sur des caractères zootechniques ou des marqueurs mendéliens (par exemple, coloration de la robe). Nous proposons ici un schéma de conservation de la diversité génétique de la truite commune basé sur des critères électrophorétiques, seules données génétiques actuellement disponibles. Ceci n'exclut pas la prise en compte de certaines caractéristiques phénotypiques ou environnementales. Ces données permettent de définir, d'une part, les sous-espèces ou "races géographiques" qu'il convient de protéger, d'autre part, les populations indemnes de repeuplement qui seraient retenues au sein de ces "races". Cette stratégie d'échantillonnage sera beaucoup plus efficace qu'un tirage aléatoire si, à une plus grande diversité électrophorétique, correspond une variabilité génétique plus élevée. Cette relation peut être recherchée soit sur la variabilité intrapopulation (valeur du taux d'hétérozygotie comme prédicteur de la variabilité moyenne intrapopulation; cf. CHAKRABORTY, 1987), soit sur la variabilité moyenne interpopulation (relation entre variabilité électrophorétique et variabilité moyenne interpopulation). Ces deux aspects n'ont pas été étudiés de façon très rigoureuse chez les salmonidés. Il semble toutefois légitime de penser qu'il existe, chez ces espèces, un lien entre différenciation électropho-rétique et variabilité interpopulations dans la mesure où les regroupements de populations en sous-espèces géographiques ou espèces, sur la base de caractères morphologiques, ont été généralement confirmés par électrophorèse (LOUDENSLAGER et GALL, 1980; SMITH, 1981; STONEKING et al., 1981 ;LEARY et al., 1987).Trois sous-unité...