AGRADECIMENTOSA todos que fizeram parte dessa jornada, que me acompanharam pelas ruas escuras em longas noites e manhãs confusas. Por todas as conversas surreais, caminhadas, desencontros e descobertas.Aos amigos que me mantiveram são (na medida do possível) e contribuíram muito mais do que podem imaginar, sempre das maneiras mais improváveis. Agradeço muito por terem me aturado durante esses anos difíceis. Agradeço também a todos que fizeram a ponte aérea para diluir uma parte dessa loucura.Agradeço ao meu orientador pelas oportunidades, aos colegas pelas risadas e discussões, pelo torresmo de Quarta-feira e ao churrasco semanal. A paciência da secretária da pós graduação e por responder todas minhas perguntas.A minha outra parte, que mostrou mais compreensão e companheirismo do julguei caber em uma pessoa. Obrigado, sem você nada disso teria se realizado pois estaria internado em um hospício ou isolado nas montanhas.Pai, mãe, obrigado por toda a força e que, apesar da distância, nunca saíram do meu lado. Obrigado por sempre terem acreditado em mim e por aceitarem essa batalha diária contra a saudade. Vocês são minha motivação principal para fazer tudo isso valer a pena, obrigado por tudo.The cake is a lie.
RESUMODomínio proteico é uma sequência de aminoácidos evolutivamente conservada e funcionalmente independente. Um dos aspectos mais importantes do estudo de uma proteína que contem múltiplos domínios é o entendimento da comunicação, entre os diferentes domínios, e seu papel biológico. Essa comunicação em maior parte é feita pela interação direta entre domínios. A interação poderia ser tratada como uma clássica interação proteína-proteína. Entretanto, proteínas multidomínio possuem restrições determinadas por suas regiões conectoras. Os conectores interdomínio impõem restrições e limitam espaço conformacional dos domínios. Apresentamos aqui o MAD, uma rotina capaz de obter modelos tridimensionais de alta resolução para proteínas, contendo qualquer número de domínios, a partir de sua sequencia primária. Os domínios conservados são identificados utilizando a base de domínios conservados (CDD) e seus limites são utilizados para definir as regiões conectoras. É criado um ensamble de possíveis dobramentos dos conectores e sua distribuição de distâncias C/N-terminais são utilizadas como restrição espacial na busca pela interação entre os domínios.Os modelos dos domínios são obtidos por uma modelagem comparativa. Foi implementada uma heurística, capaz de lidar com a natureza combinatorial dos múl-tiplos domínios e com a necessidade imposta pela limitação computacional de realizar o docking dos domínios em forma de pares. Todas combinações de domínios são submetidas as rotinas de docking. Aplica-se filtro de distância e energético, excluindo as conformações que apresentam distância C/N-terminal entre domínios maior do que o valor máximo observado no ensamble de conectores e seleciona as conformações energeticamente mais favoráveis. As conformações são submetidas a uma rotina de agrupamento hierárquico baseada em sua ...