HLA Class II Alleles and the Presence of Circulating Epstein-Barr Virus DNA in Greek Patients with Nasopharyngeal Carcinoma

Karanikiotis, Charisios; Daniilidis, M.; Karyotis, N.; Bakogiannis, Charalambos; Economopoulos, Theofanis; Murray, Samuel; Papamichael, Demetris; Samantas, E.; Nikolaou, Angelos; Skoura, Lemonia; Tselis, Nikolaos; Zamboglou, Nikolaos; Fountzilas, George

doi:10.1007/s00066-008-1816-4

Cited by 11 publications

(6 citation statements)

References 37 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Utilizing various genomic approaches, we previously demonstrated the contribution of multiple loci including 6p21, TERT, and MST1R in NPC [5][6][7] . Numerous NPC genetic susceptibility association studies identified the 6p21.3 human leukocyte antigen (HLA) locus 4,7,8,[10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20] , supporting the hypothesis that HLA alleles or nearby non-HLA genes are major genetic determinants for NPC pathogenesis. However, most of these studies were limited by a small sample size 4,8,[11][12][13][14][15][16][17][18][19][20] .…”

mentioning

confidence: 97%

Nasopharyngeal carcinoma MHC region deep sequencing identifies HLA and novel non-HLA TRIM31 and TRIM39 loci

Ning

et al. 2020

Commun Biol

View full text Add to dashboard Cite

Despite pronounced associations of major histocompatibility complex (MHC) regions with nasopharyngeal carcinoma (NPC), causal variants underlying NPC pathogenesis remain elusive. Our large-scale comprehensive MHC region deep sequencing study of 5689 Hong Kong Chinese identifies eight independent NPC-associated signals and provides mechanistic insight for disrupted transcription factor binding, altering target gene transcription. Two novel protective variants, rs2517664 (Trs2517664 = 4.6%, P = 6.38 × 10−21) and rs117495548 (Grs117495548 = 3.0%, P = 4.53 × 10−13), map near TRIM31 and TRIM39/TRIM39-RPP21; multiple independent protective signals map near HLA-B including a previously unreported variant, rs2523589 (P = 1.77 × 10−36). The rare HLA-B*07:05 allele (OR < 0.015, P = 5.83 × 10−21) is absent in NPC, but present in controls. The most prevalent haplotype lacks seven independent protective alleles (OR = 1.56) and the one with additional Asian-specific susceptibility rs9391681 allele (OR = 2.66) significantly increased NPC risk. Importantly, this study provides new evidence implicating two non-human leukocyte antigen (HLA) genes, E3 ubiquitin ligases, TRIM31 and TRIM39, impacting innate immune responses, with NPC risk reduction, independent of classical HLA class I/II alleles.

show abstract

mentioning

confidence: 97%

Nasopharyngeal carcinoma MHC region deep sequencing identifies HLA and novel non-HLA TRIM31 and TRIM39 loci

Ning

et al. 2020

Commun Biol

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…В литературе имеются единичные работы, посвященные исследованию распределения частот этого гена у пациентов с РНГ. Опубликована работа, в которой авторы отмечают снижение частоты аллелей DQA1*0103 и DQA1*0201 у пациентов с РНГ греческого происхождения [21]. У представителей народности хань из Китая с диагностированным РНГ было выявлено снижение частоты аллеля DQA1*0201 и увеличение частоты аллеля DQA1*0101 [22].…”

Section: Discussionunclassified

“…При исследовании популяции хань из Китая не удалось обнаружить изменений в распределении гена DQB1 у пациентов с РНГ по сравнению с контрольной группой [13,22]. Также не найдено подобных различий и в греческой популяции [21]. Единственная работа, в которой упоминается связь чувствительности к РНГ и гена DQB1, -это исследование, выполненное в Тунисе, в котором с чувствительностью к РНГ был ассоциирован DQB1*02, а с устойчивостью к этому заболеванию -DQB1*05 [23].…”

Section: Discussionunclassified

“…Авторы более позднего метаанализа сообщают об отсутствии у европейцев значимых ассоциаций генов HLA класса II c чувствительностью или устойчивостью к РНГ [25]. У пациентов греческого происхождения с РНГ установлено увеличение частоты встречаемости DRB1*07 [21]. У американцев европейского происхождения с повышенной чувствительностью к развитию РНГ был ассоциирован аллель DRB1*0405, с устойчивостью к РНГ -DRB1*1501, однако авторы работы предупредили о том, что к этим данным нужно относиться с осторожностью из-за множественности сравнений [27].…”

Section: Discussionunclassified

“…Одинаковый уровень антител IgA к капсидному антигену ВЭБ у жителей Китая, относящихся к разным этническим группам (уйгуры и хань) и имевших разные HLA-маркеры чувствительности и устойчивости к РНГ, позволяет сделать заключение о том, что характер распределения генов HLA-DRB1 в этих 2 этнических группах не связан с инфицированием ВЭБ [26]. Авторы, исследовавшие греческую популяцию, также пришли к выводу о том, что предрасположенность к РНГ независима от присутствия ВЭБ [21].…”

Section: Discussionunclassified

See 2 more Smart Citations

HLA II genes distribution in Epstein–Barr virus-associated nasopharyngeal carcinoma and other tumors of the oral cavity patients in Russia

Сенюта¹,

Boldyreva²,

Goncharova³

et al. 2018

Usp. mol. onkol

View full text Add to dashboard Cite

Назофарингеальная карцинома (рак носоглотки, РНГ), как известно, строго ассоциирована с вирусом Эпштейна-Барр (ВЭБ). Однако ВЭБ является убиквитарной инфекцией, тогда как РНГ развивается довольно редко и характеризуется географически и этнически неоднородным распространением, что позволяет предположить важную роль других кофакторов в патогенезе РНГ, таких как окружающая среда и генетическая предрасположенность. Среди известных генетических факторов, ассоциированных с РНГ, главный комплекс гистосовместимости (лейкоцитарный антиген человека, human leukocyte antigen (HLA)) занимает важное положение, так как играет ключевую роль в презентации вирусных антигенов иммунной системы. В России изучение ассоциации аллелей HLA с риском развития РНГ, связанного с ВЭБ, не проводилось, а в литературе существуют противоречивые сведения о роли разных HLA-генов как в возникновении и развитии РНГ, так и в инициации и особенностях иммунного ответа к белкам ВЭБ. Цель исследования-изучение распределения вариантов DQA1-, DQB1-, DRB1-генов HLA класса II у больных РНГ и пациентов с другими опухолями полости рта (ДОПР), ассоциированными и не ассоциированными с ВЭБ, в группах с высоким и низким уровнем гуморального иммунного ответа к основным белкам ВЭБ по сравнению с контрольной группой здоровых лиц. Материалы и методы. Всего в исследование вошли 62 больных недифференцированным РНГ и 44 пациента с ДОПР, а также 300 здоровых лиц. Сыворотка крови всех больных была протестирована на наличие антител иммуноглобулинов классов G и А к капсидному и раннему антигенам ВЭБ методом непрямой иммунофлюоресценции. Все образцы генотипированы на HLA-DQA1,-DQB1 и-DRB1 с помощью мультипраймерной амплификации сиквенс-специфическими праймерами методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.

show abstract

HLA-DRB1 allele polymorphism and nasopharyngeal carcinoma risk: a meta-analysis

Yao

Shen

Zhang

et al. 2016

Eur Arch Otorhinolaryngol

View full text Add to dashboard Cite

The human leukocyte antigens (HLA) DRB1 polymorphism has been implicated in susceptibility to nasopharyngeal carcinoma (NPC). However, the results are inconsistent. The aim of this meta-analysis is to evaluate the association between the HLA-DRB1 polymorphisms and NPC risk. All eligible case-control studies published up to June 17, 2015 were identified by searching PubMed, Web of Science, CNKI, Wanfang, and Weipu databases. The NPC risk associated with the HLA-DRB1 polymorphism was estimated for each study by odds ratios (OR) together with its 95 % confidence interval (CI), respectively. Twelve studies with 1152 cases and 1600 controls were included. Overall, a significant positively association between the HLA-DRB1*03, *08, *09, and *10 alleles polymorphism and NPC risk were found (OR = 1.55, 95 % CI 1.30-1.86; OR = 1.44, 95 % CI 1.08-1.92; OR = 1.33, 95 % CI 1.06-1.67; OR = 1.82, 95 % CI 1.02-3.26, respectively), and the HLA-DRB1*01, *11, and *12 alleles were negatively associated with NPC risk (OR = 0.55, 95 % CI 0.39-0.78; OR = 0.62, 95 % CI 0.42-0.91; OR = 0.62, 95 % CI 0.47-0.81, respectively), but we failed to detect any association between other alleles and NPC risk. When stratified by ethnicity, similar results were observed among Asians for HLA-DRB1*03, *08, *09, *11, and *12 alleles and Tunisians for HLA-DRB1*01, *03, and *11 alleles; However, no significant association among Caucasians was observed. This meta-analysis suggests that the HLA-DRB1*03, *08, *09, and *10 alleles polymorphism contributed to the susceptibility of NPC, whereas HLA-DRB1*11 and *12 alleles polymorphism may be an important protective factor for NPC, especially of Asian populations.

show abstract

HLA Class II Alleles and the Presence of Circulating Epstein-Barr Virus DNA in Greek Patients with Nasopharyngeal Carcinoma

Abstract: Circulating EBV-DNA and specific HLA class II alleles may predispose to or protect from NPC. However, the results of this study suggest that the genetic predisposition of an individual to NPC is independent of the liability to EBV infection.

Cited by 11 publications

References 37 publications

Nasopharyngeal carcinoma MHC region deep sequencing identifies HLA and novel non-HLA TRIM31 and TRIM39 loci

Nasopharyngeal carcinoma MHC region deep sequencing identifies HLA and novel non-HLA TRIM31 and TRIM39 loci

HLA II genes distribution in Epstein–Barr virus-associated nasopharyngeal carcinoma and other tumors of the oral cavity patients in Russia

HLA-DRB1 allele polymorphism and nasopharyngeal carcinoma risk: a meta-analysis

Contact Info

Product

Resources

About