La fundación de la Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia en 1867 ocurre casi una década después de la publicación del origen de las especies de Darwin (1859) y de la publicación de Die Cellular pathologie de Virchow (1859), textos representativos de las dos teorías básicas que sustentan la biología moderna: la teoría de evolución por selección natural y la teoría celular. Analizando las fuentes históricas primarias y secundarias determinamos que en la Escuela de Ciencias Naturales se enseñó entre 1868 y 1875 la teoría celular. El curso de botánica de Francisco Bayón (1868) explicó esta teoría, incluyendo las propuestas de Schleiden, Mirbel, Möhl y Unger; así como los procesos de polinización y fecundación de las plantas. La desactualización en algunos aspectos se explica porque las fuentes principales de Bayón son textos editados en España y Francia y por la ausencia de traducciones de los trabajos pioneros que surgían en Alemania. La Escuela de Ciencias Naturales dio un paso desde la historia natural hasta la biología moderna al incluir en sus cursos la teoría celular.