The combined application of ecological niche modeling in phylogeographic studies has contributed to better understanding the relationship between the patterns of genetic variation of species and the abiotic conditions where their populations have evolved. This has allowed broadening and strengthening the spectrum of phylogeographic questions and hypotheses to be tested, based on the increasing availability of data, algorithms, and models. However, when these two approaches are combined, some of their limitations are also added, despite taking advantage of their strengths. This review explores some of the latest contributions of this application. We found that 44 % of the studies reviewed address the effect of the environment on the diversification and structure of lineages; 20 % of the models concern mammals and 27 %, reptiles; and 34 % of the articles addressed the biota of the Nearctic region. This review also explores the most important challenges and future perspectives resulting from this synergy.La aplicación del modelado de nicho ecológico en estudios de filogeografía ha contribuido a entender la relación entre los patrones de variación genética de las especies y las condiciones abióticas en las que sus poblaciones se han diferenciado. Esta aplicación ha permitido ampliar y robustecer el espectro de preguntas e hipótesis filogeográficas a probar, apoyándose en la creciente disponibilidad de datos, algoritmos y modelos. Sin embargo, al combinar estos dos métodos, aún cuando se aprovechan sus fortalezas, es inevitable que también se sumen varias de sus limitantes. En esta revisión exploramos puntualmente algunas de las contribuciones más recientes de esta aplicación, encontrando que el 44 % de los estudios se enfocan en explorar el efecto del ambiente en la diversificación y estructura de los linajes, mientras que el 20 % de los modelos de estudio son mamíferos y 27 % reptiles, donde 34 % de los artículos se concentran en biota de la región Neártica. Asimismo, esta revisión explora los desafíos más importantes y las perspectivas a futuro que resultan de esta sinergia.