High throughput analysis of differential gene expression

Carulli, John P.; Artinger, Michael; Swain, Pamela; Root, Colleen D.; Chee, Linda; Tulig, Craig; Guerin, Jenny; Osborne, Mark; Stein, Gary S.; Lian, Jane B.; Lomedico, Peter T.

doi:10.1002/(sici)1097-4644(1998)72:30/31+<286::aid-jcb35>3.3.co;2-4

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“…Changes in the global pattern of gene transcription may be equally significant, and technological advances now permit their investigation (Carulli et al, 1998). Gastric carcinoma has been studied using differential display, Clontech cDNA membrane arrays and cDNA microarrays (Ebert et al, 2000;Jung et al, 2000;Yoshikawa et al, 2000;ElRifai et al, 2001;Wang et al, 2001;Hippo et al, 2002;Mori et al, 2002).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Profiling, comparison and validation of gene expression in gastric carcinoma and normal stomach

et al. 2003

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Gastric carcinoma is the fourth most common cause of cancer death worldwide but its molecular biology is poorly understood. We catalogued the genes expressed in two gastric adenocarcinomas and normal stomach, using serial analysis of gene expression (SAGE), and compared the profiles on-line with other glandular epithelia. Candidates were validated by Northern blotting and immunohistochemistry. A total of 29 480 transcripts, derived from 10 866 genes, were identified. In all, 1% of the genes were differentially expressed (Xfivefold difference plus P-value p0.01) between cancers and normal stomach. The most abundant transcripts included ribosomal and mitochondrial proteins, of which most were upregulated in the tumours, as were other widely expressed genes including transcription factors, signalling molecules (serine/threonine protein kinases), thymosin beta 10 and collagenase I. Transcripts abundant in normal stomach were functionally important, including gastrin, immunoglobulin alpha, lysozyme, MUC5, pS2 and pepsinogens, which were among 55 gastric-specific genes. Many transcripts were minimally characterized or new, some cancer-associated genes reflected their intestinal morphology, and some normal gastric genes had previously been considered as pancreatic carcinoma markers. The gastric carcinoma profiles resembled other tumours', supporting the existence of common cancer-associated targets. These data provide a catalogue from which to develop markers for better diagnosis and therapy of gastric carcinoma.

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Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Profiling, comparison and validation of gene expression in gastric carcinoma and normal stomach

et al. 2003

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“…At the termi nated end, the transcription process appends a repeat sequence of the nucleotide adenine • Gene Expression Studies: Before the advent of the microarray technology, gene expression and co-regulation related studies were primarily dependent on EST data. [Carulli et al (1999)]. …”

Section: Problem Statementmentioning

confidence: 99%

Large-scale methods in computational genomics

Aluru

Kalyanaraman

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“…Apesar do processamento pós-transcricional ser importante na regulação da expressão de muitos genes, a taxa de transcrição constitui-se, per se, no principal mecanismo de regulação (Carulli et al, 1998).…”

Section: Genômica Funcional: Análise Global De Expressão Gênicaunclassified

“…Várias técnicas de análise de expressão gênica global foram descritas (Carulli et al, 1998;Kozian et al, 1999). Algumas estão resumidas a seguir: a) Análise comparativa de ESTs : Considerando-se que, durante a preparação de bibliotecas de cDNA, a transcrição reversa de toda a população de mRNA é feita de forma uniforme, a abundância relativa das seqüências de ESTs obtidas representa a expressão gênica nas condições em estudo.…”

unclassified

“…Algumas estão resumidas a seguir: a) Análise comparativa de ESTs : Considerando-se que, durante a preparação de bibliotecas de cDNA, a transcrição reversa de toda a população de mRNA é feita de forma uniforme, a abundância relativa das seqüências de ESTs obtidas representa a expressão gênica nas condições em estudo. O seqüenciamento aleatório de uma biblioteca de cDNA aliada a métodos de bioinformática nos permite, então, comparar a expressão gênica entre diferentes tecidos ou entre microrganismos em diferentes condições fisiológicas, identificando os genes mais e menos expressos (Carulli et al, 1998). O resultado é analisado empregando-se um "scanner" confocal de 2 laseres, que excitam os corantes incorporados aos cDNAs aderidos às sondas de DNA.…”

unclassified

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Elucidação do destino metabólico de glicose no fungo filamentoso Trichoderma reesei por análise EST (Expressed Sequence Tags) e "microarrays" de cDNA.

Alcalde¹,

Santiago²

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A mis Padres Carlos y Luisa, mi Esposa Estela Ynés y mis pequeños Sergio y Ricardo, que en todo momento confiaron en mi y desde la distancia me dieron la fuerza necesaria para seguir adelante, a ellos mi eterno Amor. AgradecimentosAo Professor Dr. Hamza El-Dorry, pela amizade, confiança, orientação e apoio durante todo o desenvolvimento deste trabalho, no qual os dois apreendemos muito.Aos Profs. Dr. João Pedro Simon Farah, Prof. Dr. José Abrahão-Neto e Dr. Jaime Leyton pela sua amizade e importante colaboração na realização de este trabalho.À meus irmãos Alberto, Juan, Pedro, Luis, César, Lizeth e Luisa, ao Sr. Mario Valencia (q.e.p.d.) e Sra. Ysidora Morante, a Arecio, Julia, Mario, Baltazar e Célia pelo incentivo, e fé depositada na minha pessoa.Aos amigos, Dr. Euclides Matheucci Jr. e Augusto Sávio Peixoto Ramos pelo companheirismo, amizade, apoio e pelas boas idéias e frases filosóficas que davam um significado ao trabalho do dia a dia.Aos colegas Eric Bonaccorsi, Ari José Scattone Ferreira, Augusto Peixoto Ramos e Dr.José Ribamar Ferreira Júnior pela sua participação e decidido apoio mostrando uma vez mais que a "A união faz a força". Á Dra. Nathalie Cella, Daniela Stecconi, Sílvia Regina Blanco que iluminarem com seu sorriso e conversa os momentos certos do dia a dia. Á Wilton José, pelo companheirismo á Zilda e Adriano pela ajuda indispensável e sincera amizade.Á todos os Professores do Departamento de Bioquímica, colegas e funcionários do Instituto de Química que no dia a dia me fizerem sentir como em minha "terra". INTRODUÇÃOGlicose, o mais abundante monossacarídeo na natureza, é a fonte preferencial de carbono e energia dos microrganismos eucarióticos (Vaulont et al., 2000). O metabolismo da glicose ocorre pela glicólise, uma via central e universal, através da qual ocorre, na maioria das células, o principal fluxo do carbono (Johnston, 1999). No curso da evolução, a glicólise, constituída de uma série de 10 reações enzimáticas ( Fig. 1 O metabolismo anaeróbico da glicose é, provavelmente, o mais remoto mecanismo biológico para a obtenção de energia a partir de moléculas orgânicas combustíveis, já que os organismos vivos surgiram, primeiramente, em uma atmosfera destituída de oxigênio.Com a evolução das cianobactérias, que produzem O 2 a partir da água, a atmosfera da Terra tornou possível a aerobiose e houve uma pressão seletiva sobre os organismos para o desenvolvimento do metabolismo aeróbico.A taxa de produção de ATP (mol de ATP/unidade de tempo) e o rendimento (mol de ATP/mol de substrato) são diferentes nos metabolismos aeróbico e anaeróbico. A respiração apresenta menor taxa e maior rendimento (38 mol de ATP/mol de glicose), no entanto a fermentação apresenta maior taxa e menor rendimento (2 mol de ATP/mol de glicose).Em um meio com reduzida disponibilidade de nutrientes, a taxa de produção de ATP, e não o rendimento, é o fator mais importante na competição entre as células pelos nutrientes disponíveis. Nestas condições, portanto, a fermentação torna-se mais vantajosa que a respiração. Alde...

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Elucidação do destino metabólico de glicose no fungo filamentoso Trichoderma reesei por análise EST (Expressed Sequence Tags) e "microarrays" de cDNA.

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