Los hifomicetos acuáticos son hongos microscópicos que han sido poco estudiados en ríos tropicales y que cumplen un importante papel en la descomposición de la materia orgánica vegetal en los ecosistemas lóticos. El objetivo de este trabajo fue determinar los hifomicetos acuáticos presentes en la parte media del río Gaira (norte de Colombia). Se analizaron muestras cualitativas de espuma del río y de hojas de tres especies vegetales nativas dominantes en el área de estudio (Ficus tonduzii,Zygia longifolia y Clusia multiflora) almacenadas en el lecho del río. Se identificaron diez géneros que incluían cuatro especies: Diplocladiella scalaroides, Heliscus submersus, Alatospora acuminata y Flabellospora crassa. En la parte media del río Gaira se registraron por primera vez los géneros Diplocladiella, Triscelophorus, Actinospora, Lemonniera, Alatospora, Flabellospora y Heliscus. El estudio evidenció la gran diversidad de hifomicetos acuáticos de la Sierra Nevada de Santa Marta.