Heat-induced unfolding of neocarzinostatin, a small all-β protein investigated by small-angle X-ray scattering 1 1Edited by M. F. Moody

Pérez, Javier; Vachette, Patrice; Russo, Daniela; Desmadril, Michel; Durand, Dominique

doi:10.1006/jmbi.2001.4611

Cited by 109 publications

(104 citation statements)

References 82 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…In a SAXS experiment, a protein solution is exposed to a focused X-ray beam, and the scattered intensity is collected as a function of the scattering angle. The theoretical background, basic equations, and methods used for SAXS data analysis have been fully described previously (10,15,16,18,28,31,37,48,54).…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Binding of the Major Phasin, PhaP1, fromRalstonia eutrophaH16 to Poly(3-Hydroxybutyrate) Granules

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

The surface of polyhydroxybutyrate (PHB) storage granules in bacteria is covered mainly by proteins referred to as phasins. The layer of phasins stabilizes the granules and prevents coalescence of separated granules in the cytoplasm and nonspecific binding of other proteins to the hydrophobic surfaces of the granules. Phasin PhaP1 Reu is the major surface protein of PHB granules in Ralstonia eutropha H16 and occurs along with three homologues (PhaP2, PhaP3, and PhaP4) that have the capacity to bind to PHB granules but are present at minor levels. All four phasins lack a highly conserved domain but share homologous hydrophobic regions. To identify the region of PhaP1 Reu which is responsible for the binding of the protein to the granules, N-terminal and C-terminal fusions of enhanced green fluorescent protein with PhaP1 Reu or various regions of PhaP1 Reu were generated by recombinant techniques. The fusions were localized in the cells of various recombinant strains by fluorescence microscopy, and their presence in different subcellular protein fractions was determined by immunodetection of blotted proteins. The fusions were also analyzed to determine their capacities to bind to isolated PHB granules in vitro. The results of these studies indicated that unlike the phasin of Rhodococcus ruber, there is no discrete binding motif; instead, several regions of PhaP1 Reu contribute to the binding of this protein to the surface of the granules. The conclusions are supported by the results of a small-angle X-ray scattering analysis of purified PhaP1 Reu , which revealed that PhaP1 Reu is a planar, triangular protein that occurs as trimer. This study provides new insights into the structure of the PHB granule surface, and the results should also have an impact on potential biotechnological applications of phasin fusion proteins and PHB granules in nanobiotechnology.

show abstract

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Binding of the Major Phasin, PhaP1, fromRalstonia eutrophaH16 to Poly(3-Hydroxybutyrate) Granules

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…30,31 Circular dichroism (CD) was used to evaluate the structural characteristics of the refolded CTD ( Figure 2B). The CD spectra display the characteristics of a partly unstructured protein: a large negative peak at 200 nm and a value close to zero at 220 nm.…”

Section: Purification and Characterization Of The E Coli Rnase E C-tmentioning

confidence: 99%

Studies of the RNA Degradosome-organizing Domain of the Escherichia coli Ribonuclease RNase E

Callaghan

Aurikko

Ilag

et al. 2004

Journal of Molecular Biology

152

208

View full text Add to dashboard Cite

The hydrolytic endoribonuclease RNase E, which is widely distributed in bacteria and plants, plays key roles in mRNA degradation and RNA processing in Escherichia coli. The enzymatic activity of RNase E is contained within the conserved amino-terminal half of the 118 kDa protein, and the carboxy-terminal half organizes the RNA degradosome, a multi-enzyme complex that degrades mRNA co-operatively and processes ribosomal and other RNA. The study described herein demonstrates that the carboxy-terminal domain of RNase E has little structure under native conditions and is unlikely to be extensively folded within the degradosome. However, three isolated segments of 10 -40 residues, and a larger fourth segment of 80 residues, are predicted to be regions of increased structural propensity. The larger of these segments appears to be a protein -RNA interaction site while the other segments possibly correspond to sites of self-recognition and interaction with the other degradosome proteins. The carboxy-terminal domain of RNase E may thus act as a flexible tether of the degradosome components. The implications of these and other observations for the organization of the RNA degradosome are discussed.

show abstract

“…O espalhamento de raios X a baixo ângulo, (SAXS -do inglês -small angle X-ray scattering) é uma técnica muito utilizada para o estudo de partículas cujas dimensões variam de dezenas a centenas de angstroms, dependendo da configuração da óptica experimental [44][45][46][47][48]. O SAXS é utilizado para determinar características estruturais destas partículas ou de aglomerados de partículas dispersos em solução.…”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

“…O SAXS é utilizado para determinar características estruturais destas partículas ou de aglomerados de partículas dispersos em solução. A técnica de SAXS também permite monitorar mudanças de conformação molecular, a predição de estruturas quaternárias em oligômeros, a verificação de transições conformacionais que ocorrem devido à interação com ligantes ou perturbações externas [44][45][46].…”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

“…Informações relevantes sobre a estrutura das partículas espalhadoras podem ser obtidas através do parâmetro estrutural raio de giro (R g ). De acordo com a aproximação de Guinier, para valores de q pequenos, quando q→0, a curva de intensidade pode ser descrita por uma função exponencial (equação 19, [44][45][46][47][48]). …”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

See 1 more Smart Citation

Estudo da estabilidade térmica da hemoglobina extracelular gigante de Glossoscolex paulistus (HbGp): efeitos do estado de oxidação do ferro do grupo heme, pH e presença de surfactante

Carvalho¹

View full text Add to dashboard Cite

AgradecimentosAgradeço! Aos meus pais Maria Gorete Pires Carvalho e José de Ribamar Gomes Carvalho e a minha esposa Sumária Sousa e Silva pela dedicação, carinho, motivação nas horas mais difíceis, sem eles não teria forças para seguir essa jornada; Ao Professor Marcel Tabak por sua orientação e pelos laços de amizade e respeito que se formaram nesta convivência e também pela oportunidade de poder desenvolver esse trabalho;A Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) pela bolsa de doutorado;Aos meus irmãos Genilson, Genilda e Gesilda pelo apoio, carinho e afeto que temos e pelas palavras amigas;Às minhas tias Eva (segunda mãe), Maria da Guia e Raimunda Teresa e os primos (as) Rita de Kássia, Karla Karolina, Raiza, Rairone, Railson, Amanda e Constância pelo apoio e carinho que sempre me motiva; Aos meus amigos de laboratório Adriano, Fernanda, Ana Eliza, Diógenes e Ezer Biazin, pelo apoio moral e pela contribuição direta e indireta na minha formação e neste trabalho. Obrigado em especial a vocês Adriano e Ezer Biazin; Aos meus amigos Orlando, Ana Célia, Adriane, Washington, Alexandre, Tairo, Adriana, Elenice, Jairo e Edvan pelas discussões bem humoradas e pela amizade; Aos professores Dr.(a) (s) Leandro R. S. Barbosa (IF-USP), Rosângela Itri (IF-USP), Patríca S. Santiago (UNESP-Registro), Carlos Ernesto Garrido Salmon (USP-Riberão Preto) e Tatiana Batista (UEL-PR) pelas discussões e colaborações durante meu curso de doutorado, que foi muito importante para minha formação; Ao Ezér Biazin, técnico do laboratório, por toda ajuda na parte instrumental e que sem nenhuma dúvida foi muito importante para o bom desenvolvimento deste trabalho e pela amizade que se construiu nestes cinco anos; A Andressa Patrícia Alves Pinto, técnica do laboratório de biofísica do IFSC por toda ajuda nos experimentos de CD que foi muito importante para o bom desenvolvimento deste trabalho; Ao Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), em especial ao Dr. Mateus Cardoso, coordenador da linha SAXS2, pelo auxílio na realização das medidas de SAXS;Ao pessoal da pós-graduação, Sílvia, Andréia e Gustavo, por toda a atenção, carinho e pelos bons serviços prestados;A dona Suely e seu José de Ribamar pelos conselhos e apoio nos momentos difíceis.

show abstract

Heat-induced unfolding of neocarzinostatin, a small all-β protein investigated by small-angle X-ray scattering 1 1Edited by M. F. Moody

Cited by 109 publications

References 82 publications

Binding of the Major Phasin, PhaP1, fromRalstonia eutrophaH16 to Poly(3-Hydroxybutyrate) Granules

Binding of the Major Phasin, PhaP1, fromRalstonia eutrophaH16 to Poly(3-Hydroxybutyrate) Granules

Studies of the RNA Degradosome-organizing Domain of the Escherichia coli Ribonuclease RNase E

Estudo da estabilidade térmica da hemoglobina extracelular gigante de Glossoscolex paulistus (HbGp): efeitos do estado de oxidação do ferro do grupo heme, pH e presença de surfactante

Contact Info

Product

Resources

About