Global landscape of HIV–human protein complexes

Abstract

Human immunodeficiency virus (HIV) has a small genome and therefore relies heavily on the host cellular machinery to replicate. Identifying which host proteins and complexes come into physical contact with the viral proteins is crucial for a comprehensive understanding of how HIV rewires the host’s cellular machinery during the course of infection. Here we report the use of affinity tagging and purification mass spectrometry1-3 to determine systematically the physical interactions of all 18 HIV-1 proteins and polyproteins with host proteins in two different human cell lines (HEK293 and Jurkat). Using a quantitative scoring system that we call MiST, we identified with high confidence 497 HIV–human protein–protein interactions involving 435 individual human proteins, with ~40% of the interactions being identified in both cell types. We found that the host proteins hijacked by HIV, especially those found interacting in both cell types, are highly conserved across primates. We uncovered a number of host complexes targeted by viral proteins, including the finding that HIV protease cleaves eIF3d, a subunit of eukaryotic translation initiation factor 3. This host protein is one of eleven identified in this analysis that act to inhibit HIV replication. This data set facilitates a more comprehensive and detailed understanding of how the host machinery is manipulated during the course of HIV infection.

Controllability analysis of the directed human protein interaction network identifies disease genes and drug targets

“…However, we did not detect a significant enrichment-most likely reflecting the quality of the HIV RNAi screens (25). To analyze direct targets of HIV, we compiled the HIV-human interactome (from recent literature and PPI databases) (26,27), finding that indispensable nodes are enriched for physical interactions with HIV proteins (Fig. 2C, PPIs; and Fig.…”

“…S3C). Analysis of 208 different humanvirus networks (26)(27)(28)(29) reveals that human viruses commonly target indispensable nodes to control the host network (Fig. 2C, Virus targets; and Fig.…”

Un facteur de transcription se fait complice du VIH-1 pour détruire les défenses cellulaires

“…En effet, Krogan et al [7] ont entrepris l'identification systématique des ligands des protéines du VIH-1, dont Vif, en combinant purification d'affinité et spectrométrie de masse. Chacune des protéines du VIH-1 a été exprimée avec deux éti-quettes différentes (Strep ou Flag) soit par transfection transitoire de cellules humaines d'épithélium rénal embryonnaire (HEK-293), soit par expression stable et inductible à partir de cellules lymphoïdes Jurkat.…”

“…Chacune des protéines du VIH-1 a été exprimée avec deux éti-quettes différentes (Strep ou Flag) soit par transfection transitoire de cellules humaines d'épithélium rénal embryonnaire (HEK-293), soit par expression stable et inductible à partir de cellules lymphoïdes Jurkat. Les auteurs se sont focalisés sur les protéines identifiées indépendamment du type cellulaire et de l'étiquette utilisée pour la purification [5,7]. Par cette approche, sept protéines humaines ont été identifiées comme des ligands directs ou indirects de Vif dans les deux types cellulaires : l'une intervient dans l'autophagie (MARA1), cinq sont les constituants de l'ubiquitine ligase E3 (Elo-B, Elo-C, Cul-5, Rbx-2, et Cul-2 qui interagit avec Cul-5) et la dernière est CBF- (core binding factor-).…”

“…Un certain nombre de composants du liquide sémi-nal, dont la fonction physiologique est de protéger les spermatozoïdes lors de leur voyage vers l'ovule, peuvent proté-ger également les virions. C'est le cas des amines basiques comme la spermine, la spermidine, putrescine, cadavérine, etc., qui évitent la dénaturation des spermatozoïdes dans l'environnement acide de l'appareil vaginal et qui, malheureusement, empêchent aussi l'inactivation du virus [7][8][9]. D'autres composants du sperme, plus récemment identifiés par Munch et al forment des fibrilles amyloïdes capables d'augmenter l'infectivité du VIH [2].…”