Genomic Diversity Analysis of SARS-CoV-2 and Epidemiological Features of Adaptation of COVID-19 Agent to Human Population (Communication 1)

Краснов, Я. М.; Попова, А. Ю.; Сафронов, Валентин; Fedorov, A. V.; Баданин, Д. В.; Щербакова, Светлана; Кутырев, Владимир

doi:10.21055/0370-1069-2020-3-70-82

Cited by 7 publications

(3 citation statements)

References 19 publications

(17 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Данный факт демонстрирует, что несмотря на высокую частоту мутаций, далеко не каждая из них способна закрепиться в популяции вируса. Одним из объяснений данного феномена может являться отрицательная селекция более вирулентных вариантов вируса [15].…”

Section: результаты и обсуждениеunclassified

“…Анализ аминокислотных последовательностей Spike-белка (Таблица 5) выявил полиморфизм D614G у всех штаммов, взятых в исследование, что коррелирует с данными, получаемыми другими авторами [2,15]. Однако, в противовес штаммам SARS-COV-2 циркулирующим в России, для изолятов из Орловской области был характерен выраженный полиморфизм, что проявилось в изменении АК структуры Spike-белка.…”

Section: результаты и обсуждениеunclassified

See 1 more Smart Citation

Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г

Водопьянов¹,

Pisanov²,

Подойницына³

et al. 2021

Preprint

View full text Add to dashboard Cite

Распространение новой коронавирусной инфекции в субъектах Российской Федерации обусловлено последовательным вовлечением в эпидемический процесс различных групп восприимчивого местного населения с отличающимся иммунным статусом и, как следствие, сопровождается генетической изменчивостью вируса SARS-Cov-2, что в свою очередь может привести к формированию новых штаммов возбудителя. Стабилизация уровня заболеваемости населения и наметившаяся тенденция к ее снижению на фоне масштабных противоэпидемических (профилактических) мероприятий, в т.ч. прививочной кампании свидетельствует о необходимости изучения генетической вариабельности S-белка вируса SARS-Cov-2 являющегося основным компонентом вакцин в отдельно взятом субъекте Российской Федерации. В связи с этим, цель работы состояла в сравнительном анализе геномного разнообразия и полиморфизмов S-белка возбудителя COVID-19 циркулирующего на территории Орловской области. Исследовано 100 образцов биологического материала от больных COVID-19 зарегистрированных в Орловской области. Секвенирование проводили на приборе MiSeq (Illumina, США), сборка геномов осуществлялась путем выравнивания на референсную последовательность уханьского варианта вируса SARS-Cov-2. Установлено, что на территории Орловской области циркулируют штаммы возбудителя COVID-19 принадлежащие к ветви «B.1.1». Доминирующим вариантом для Орловской области является вариант B.1.1.130. В 54,1 % случаев в изученных образцах выявлен полиморфизм E484K Spike-белка, с которым ряд исследователей связывают уклонение от иммунного ответа макрорганизма.

show abstract

Section: результаты и обсуждениеunclassified

Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г

Водопьянов¹,

Pisanov²,

Подойницына³

et al. 2021

Preprint

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…к середине 2020 г. было отмечено глобальное распространение геновариантов вируса SARS-CoV-2, имеющих мутации D614G (ген S) и P314L (ген ORF1b), определяющие ускорение процесса связывания вируса с клеткой хозяина и проникновения в нее [1,2]. данные замены оказались устойчивыми, и, по всей вероятности, дальнейшая эволюция генома нового коронавируса будет развиваться на основе геновариантов вируса, содержащих эту пару единичных мутаций [3].…”

unclassified

Molecular-Genetic Monitoring of SARS-CoV-2 Genovariants in the Territory of the Volga Federal District of the Russian Federation. Communication 1

Осина

Краснов

Guseva

et al. 2021

Problemy Osobo Opasnykh Infektsii

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Emergence of various genovariants of the SARS-CoV-2 virus, which are characterized by a higher ability to spread and a more severe clinical manifestations compared to the initial variants, require molecular-genetic monitoring of strains circulating in the Russian Federation.The aim of the work was to identify the VOC SARS-CoV-2 genovariants in the territory of the Republics of Bashkortostan, Tatarstan, Udmurtia, and Samara, Penza, Saratov, Ulyanovsk, and Orenburg Regions.Materials and methods. The identification of genovariants and the determination of the type of mutations was carried out by the Sanger fragment sequencing method.Results and discussion. The study examined 298 samples of clinical material obtained from the Centers for Hygiene and Epidemiology in the Republics of Bashkortostan, Tatarstan, Udmurtia, Samara, Penza, Saratov, Ulyanovsk, and Orenburg Regions. In 17 % of cases, the variability of the SARS-CoV-2 virus was observed for one or more markers: in three samples, a new coronavirus of the B. 1.1.7 line (“British”) was detected; in a number of cases, only one mutation was detected in the virus found in samples – deletion Y144 or substitution D138Y, E484K, N501Y, and very rarely two mutations – deletion Y144 and substitution E484K. The presence of the L141-G142-V143 deletion localized in the recurrent deletion region RDR2 of the S-gene was shown in 10 % of the cases. The data obtained indicate the heterogeneity in macroorganism of the population of the new coronavirus with the deletion L141-G142-V143, which leads to a change in the antigenic structure of the virus, which probably allows the virus to evade the immune response.

show abstract

Variability of the SARS-CoV-2 Virus and the Susceptibility of the Population in the Dynamics of the Development of the Epidemic Process

Feldblum,

Devyatkov,

Repin

et al. 2023

Epidemiology and Vaccinal Prevention

View full text Add to dashboard Cite

Relevance. It is known that the main trigger for the development of the pandemic was the genomic diversity of viruses. Meanwhile, we did not find any studies on the influence of population susceptibility on the complex process of evolutionary transformations of the SARS-CoV-2 virus and their interdependent variability during the development of the pandemic. Aim. The study of the interdependent variability of two heterogeneous populations interacting in the dynamics of the development of the COVID-19 pandemic - the virus population and the population. Materials and methods. The study was conducted in the city of Perm from 03/01/2021. (Beginning of sequencing of the SARS-CoV-2 virus in the territory) until 01.01.2023. In weekly dynamics, the following were studied: SARS-CoV-2 genomic diversity (molecular genetic study of 2521 samples of biomaterial from patients), seroprevalence of the population (366,804 blood sera were examined for the presence of IgG), morbidity, disease prevalence rate and mortality (according to official statistics). The interpretation of the results was carried out in accordance with the provisions of the theory of self-regulation of parasitic systems by V.D. Belyakov. Results and discussion. An analysis of the genomic diversity of the virus during the pandemic made it possible to distinguish 5 periods. Three periods were characterized by the homogeneity of the pathogen population, when the variants Alpha, Delta and Omicron circulated. Two periods were characterized by the simultaneous circulation of two variants of viruses due to the adaptation of the virus to the changed habitat. Thus, the circulation of the Alpha variant in a population heterogeneous in terms of susceptibility (the proportion of seropositive ones increased to 52%) caused mutational changes in the virus genome with the formation of high transmission properties and high pathogenicity (according to the theory of V.D. Belyakov, the phase of formation of an epidemic variant). The formation of the epidemic variant of the pathogen (Delta genovariant) occurred within 12 weeks, it dominated for more than 6 months, increasing the incidence by 2.8 times, mortality by 17.3 times (epidemic spread phase). The increase in the incidence and large-scale vaccination increased the seroprevalence of the population to 70% or more. The Delta variant begins to adapt to a new habitat with a high proportion of immune organisms, the formation of the Omicron genovariant with high transmission and evasion of the immune response is underway (the phase of formation of the pathogen reservation variant). The pathogen population is heterogeneous; Delta and Omicron circulate simultaneously. Morbidity increases by 2.9 times, RT by 1.3 times, and mortality decreases by 5.1 times. Omicron replaces the Delta genovariant within 5 weeks, mortality decreases, while maintaining the distribution coefficient (reservation phase). Conclusions. Interdependent variability of the virus and the susceptibility of the population determined the phase development of the pandemic.

show abstract

Genomic Diversity Analysis of SARS-CoV-2 and Epidemiological Features of Adaptation of COVID-19 Agent to Human Population (Communication 1)

Cited by 7 publications

References 19 publications

Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г

Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г

Molecular-Genetic Monitoring of SARS-CoV-2 Genovariants in the Territory of the Volga Federal District of the Russian Federation. Communication 1

Variability of the SARS-CoV-2 Virus and the Susceptibility of the Population in the Dynamics of the Development of the Epidemic Process

Contact Info

Product

Resources

About