Genome Assembly of Citrus Leprosis Virus Nuclear Type Reveals a Close Association with Orchid Fleck Virus

Abstract

The complete genome of citrus leprosis virus nuclear type (CiLV-N) was identified by small RNA sequencing utilizing leprosis-affected citrus samples collected from the state of Querétaro, Mexico. The nucleotide identity and phylogenetic analysis indicate that CiLV-N is very closely related to orchid fleck virus, which typically infects Cymbidium species.

Experimental host range of Citrus leprosis virus C (CiLV-C)

“…FreitasAstúa, unpublished data). Using deep sequencing, Roy et al (2013b) obtained the entire genome sequence of an isolate of CiLV-N from Mexico that revealed a very close relationship to the genome of Orchid fleck virus (OFV) (Kondo et al, 2006). A new genus Dichorhavirus is being proposed to include OFV and other nuclear type of Brevipalpustransmitted viruses (Dietzgen et al, 2013).…”

Brevipalpus phoenicis (Geijskes) species complex (Acari: Tenuipalpidae)—a closer look

“…For example, all three species of citrus leprosis virus are now known to occur in Colombia (citrus leprosis virus cytoplasmic type (CiLV-C), cytoplasmic type 2 (CiLV-C2), and citrus leprosis virus nuclear type (CiLV-N)) (Roy et al 2014) and individual host plants with mixed infections of nuclear and cytoplasmic viruses are being discovered (Roy et al 2013(Roy et al , 2014. Based on what we now know regarding the complexity of the Brevipalpus phoenicis species group, it is absolutely critical that all future virus-vector work be conducted on identified individuals.…”

“…Among these, the citrus leprosis virus complex is by far the most serious (Bastianel et al 2010;Kitajima et al 2011a;Roy et al 2013Roy et al , 2014. The citrus leprosis complex consists of two unrelated taxa of viruses, cytoplasmic and nuclear, found throughout South, Central and North America.…”

Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero <i>Brevipalpus </i>no Brasil

“…Há relatos de VTB-N associados à leprose no Brasil; porém em baixa incidência (BASTIANEL et al, 2010). Além disso, é possível que esse vírus sejam diferentes aos caracterizado em outros países, o que justificaria sua não detecção no presente trabalho.Quanto ao CiLV-C2, até o momento a presença desse vírus em citros encontra-se restrita à Colômbia, onde este vírus parece estar substituindo a população anterior de CiLV-C (ROY et al, 2013a(ROY et al, , 2015a De forma geral, a topologia da árvores geradas pelas sequências do RNA1 e RNA2 de CiLV-C são contrastantes. Considerando as sequências da p29 e MP, a população de CiLV-C é separada em dois clados e quando se considera as sequências da p15, RI e concatenado do RNA2, a população é nitidamente agrupada dentro de um mesmo clado.…”

“…Tabela 7 -Dedução da pressão de seleção sobre aminoácidos codificados por CiLV-C a KP336746 e KP336747, número de acesso no GenBank do RNA1 e RNA2 de CiLV-C SJRP, respectivamente. CiLV-N são estirpes de OFV que infectam citros e as pequenas diferenças no genoma destes vírus podem estar relacionadas com a adaptação a uma nova planta hospedeira e/ou vetor (RAMOS-GONZALÉZ et al, 2015;DIETZGEN et al 2014;ROY et al, 2014b). …”