Genetic diversity and differentiation of five Cuban cattle breeds using 30 microsatellite loci

Abstract

Conservation and improvement strategies in farm animals should be based on a combination of genetic and phenotypic characteristics. Genotype data from 30 microsatellites were used to assess the genetic diversity and relationships among five Cuban cattle breeds (Siboney de Cuba, Criollo Cubano, Cebú Cubano, Mambí de Cuba and Taíno de Cuba). All microsatellite markers were highly polymorphic in all the breeds. The expected heterozygosity ranged from 0.67 ± 0.02 in the Taíno de Cuba breed to 0.75 ± 0.02 in the Mambí de Cuba breed, and the observed heterozygosity ranged from 0.66 ± 0.03 in the Cebú Cubano breed to 0.73 ± 0.02 in the Siboney de Cuba breed. The genetic differentiation between the breeds was significant (p < 0.01) based on the infinitesimal model (F(ST)). The exact test for Hardy-Weinberg equilibrium within breeds showed a significant deviation in each breed (p < 0.0003) for one or more loci. The genetic distance and structure analysis showed that a significant amount of genetic variation is maintained in the local cattle population and that all breeds studied could be considered genetically distinct. The Siboney de Cuba and Mambí de Cuba breeds seem to be the most genetically related among the studied five breeds.

Genetic diversity in South African Nguni cattle ecotypes based on microsatellite markers

“…Microsatellite markers have been widely used to evaluate the genetic diversity of indigenous cattle breeds (FAO, 2011). Genetic diversity has been investigated in a number of developing countries on breeds such as the Ankole longhorn (Ndumu et al 2008;Kugonza et al 2011) and Afrikaner cattle breeds (Pienaar et al 2014) as well as a number of indigenous cattle breeds in Mozambique (Bessa et al 2009), Cuba (Acosta et al 2013), Cameroon (Ngono-Ema et al 2014 and India (Sharma et al 2015).…”

Diversidad genética en bovinos de ocho regiones en Costa Rica.

“…El número de alelos observados en el presente estudio fue similar al 13,2 reportado por Egito et al (2007), pero marcadamente mayor al reportado por otros estudios (Maudet et al, 2002;Steigleder et al, 2004;Villalobos-Cortés et al, 2011;Acosta et al, 2013). Puesto que existe coincidencia en una mayoría de los marcadores analizados por los distintos estudios, la mayor cantidad de alelos detectados podría relacionarse con los factores de mayor tamaño de muestra y mayor cantidad de establecimientos visitados.…”

“…El contenido de información polimórfica (CIP) ratificó esta alta variabilidad variando desde un mínimo de 0,65 para el marcador RM067 hasta un máximo de 0,88 para el marcador CSSM66. Estos valores también tendieron a ser mayores a los reportados por estudios similares (Maudet et al, 2002;Steigleder et al, 2004;Pizarro et al, 2009;Martín-Burriel et al, 2011;Villalobos-Cortés et al, 2011;Acosta et al, 2013), lo que nuevamente podría ligarse a las características del muestreo, principalmente a la inclusión de mayor diversidad de grupos raciales.…”

“…Además, se observó que el valor de He fue 4% mayor (P<0,001) que Ho, lo que implica una deficiencia de heterocigotas. El incumplimiento del equilibrio HW en poblaciones de ganado bovino ha sido reportado en numerosos estudios (Egito et al, 2007;Martín-Burriel et al, 2011;Acosta et al, 2013). La deficiencia de heterocigotas también ha sido reportada en varios estudios con bovinos (Maudet et al, 2002;Egito et al, 2007;Cañón et al, 2008;Martín-Burriel et al, 2011;Acosta et al, 2013).…”

“…La caracterización genética molecular se realiza fundamentalmente para explorar la diversidad genética dentro y entre distintas poblaciones animales, y para determinar relaciones genéticas entre ellas (FAO, 2010). Muchas de estas técnicas han sido utilizadas para el análisis de estructura y diversidad genética dentro y entre poblaciones bovinas (Lara et al, 2005;Cañón et al, 2008;Pizarro et al, 2009;Villalobos-Cortés et al, 2011;Acosta et al, 2013).…”