Genetic diversity among Canadienne, Brown Swiss, Holstein and Jersey cattle based on mitochondrial D-loop sequence variation

Abstract

[39][40][41][42][43][44]. Polymorphisms creating 36 unique haplotypes were observed within breeds at 55 sites in the displacement loop (Dloop) region of the mitochondrial DNA (mtDNA) consisting of 814 bp. The majority (56%) of the differences observed were the result of nucleotide substitution events with 19 transitions, 12 transversions, 11 deletions, 12 insertions and 1 inversion. In all cases, the insertions and deletions were of a single nucleotide. Canadienne cattle were found to have 60% unique haplotypes within the population compared to 89% in Brown Swiss, 90% in Holstein and 100% in Jersey cattle, possibly reflecting the narrow genetic base in the Canadienne breed. The degree of sequence divergence in the D-loop region of mtDNA was based on samples from 20 Canadienne, 9 Brown Swiss, 10 Holstein and 10 Jersey cattle and a phylogenetic analysis showed that these cattle (Bos taurus) were not evolutionarily distinct. All four breeds grouped together when a strict consensus tree was generated. Intra-breed variability proved to be high for the Canadienne, Holstein and Jersey breeds (57-73%) but not the Brown Swiss breed (29%). The Canadienne and Brown Swiss (45%), and Brown Swiss and Holstein (43%) showed the lowest degree of inter-breed variability. The greatest variability among the four breeds was between Canadienne and Jersey (80%) cattle. These findings question the validity of phenotypic assessment of genetic diversity, such as Canadienne cattle being described as "Black Jersey". Les auteurs ont dénombré 36 haplotypes uniques attribuables au polymorphisme intra-racial à 55 endroits de la boucle D de l'ADN mitochondrial (ADNmt), sur laquelle on retrouve 814 paires de bases. La plupart des variations (56 %) observées résul-tent de la substitution de nucléotides, en l'occurrence une transition (19 cas), une transversion (12 cas), une suppression (11 cas), une insertion (12 cas) ou une inversion (1 cas). Les insertions et les suppressions n'affectent toujours qu'un nucléotide. La race Canadienne présente 60 % d'haplotypes uniques au sein de sa population, contre 89 % pour les Suisse brune, 90 % pour les Holstein et 100 % pour les Jersey, ce qui illustre peut-être son étroite base génétique. Le degré de divergence des séquences sur la boucle D de l'ADNmt a été établi au moyen des échantillons prélevés de 20 sujets Canadienne, 9 Suisse brune, 10 Holstein et 10 Jersey. Une analyse phylogéné-tique révèle que les animaux (Bos taurus) ne sont pas distincts sur le plan de l'évolution. En effet, les quatre races se retrouvent ensemble quand on produit un arbre de consensus strict. Il existe bien une forte variation intra-raciale pour les sujets Canadienne, Holstein et Jersey (de 57 à 73 %), mais pas pour ceux de la race Suisse brune (29 %). Les sujets Canadienne et Suisse brune (45 %) ainsi que Suisse brune et Holstein (43 %) présentent le plus faible degré de variation inter-raciale. Des quatre races, ce sont les races Canadienne et Jersey qui montrent la plus grande variabilité entre elles (80 %). Ces résultats ...

Mitochondrial DNA diversity of D-loop region in three native Turkish cattle breeds

“…A total of 125, 70 and 3 sequences belonging to cosmopolitan taurine (Aberdeen Angus, Brown Swiss, Hereford, Holstein Friesian, Jersey and Simmental), indicine (Bachaur, Gangatiri, Kenkatha, Kherigarh, Purnea, Shahabadi, Bhutanese, Myanmar, Iranian, Iraqi and Nellore) and outgroup species (bison, goat and sheep) were retrieved from GenBank database (Hiendleder, 1998;Steinborn et al, 2002;Hansen et al, 2003;Pietro et al, 2003;Slate and Phua, 2003;Lin et al, 2007;Achilli et al, 2008;Hiendleder et al, 2008;Ginja et al, 2010;Seroussi and Yakobson, 2010;Sharma et al, 2015;Lwin et al, 2018) and summarised in File S2. The geographic origins of taurine samples were Argentina (ANG and HER), Israel (ANG, HER, HF, SIM), Canada (BS, HF and JER), New Zealand (HF and JER) and USA (JER).…”