Genetic and phylogeographic structure of populations of Pulex simulans (Siphonaptera) in Peru inferred from two genes (CytB and CoII)

Abstract

In this paper we discuss the potential usefulness of determining the phylogeographic and phylogenetic patterns of a vector for understanding the spread of pathogens or insecticide resistance. We do so using the example of Pulex simulans in Peru. Six populations from six different localities were investigated. Mitochondrial DNA sequences were obtained and branching patterns were inferred using phylogenetic reconstruction methods and nested clade analyses. Ten different haplotypes were discovered. Phylogenetic analysis revealed P. simulans in Peru as a monophyletic group, containing clades that were generally not geographically correlated. The data suggest that P. simulans is not a single genetic entity but rather that this species shows a high degree of intraspecific variation. Restricted gene flow with long distance dispersal coupled with range expansion and long distance colonization are likely to have contributed to the observed patterns of variation.

Identification and phylogenetic analysis of Arsenophonus- and Photorhabdus-type bacteria from adult Hippoboscidae and Streblidae (Hippoboscoidea)

“…The reaction was run for 40 cycles as follows: 10 min at 95°C, 1 min at 94°C, 30 s at 45°C, 30 s at 70°C, and 5 min at 72°C (extension). Sequencing and cleaning protocols are given in Dittmar de la Cruz and Whiting (2003).…”

Dogs are more permissive than cats or guinea pigs to experimental infection with a human isolate ofBartonella rochalimae

“…Even though the American tourist denied exposure to cats during her trip to Peru [9], and pet cats are not as common as dogs in traditional rural Peruvian households, it was nevertheless important to investigate the susceptibility of cats to this human strain, because B. rochalimae is most closely related genetically to B. clarridgeiae , a species for which cats are the natural reservoir [6]. Finally, because guinea pigs ( Cavia porcellus ) are commonly raised indoors, roaming free in Peruvian rural households [7, 8], we inoculated guinea pigs to investigate their role as a potential reservoir of B. rochalimae . Furthermore, guinea pigs are commonly infested by Pulex simulans fleas that will feed readily on humans, and a Bartonella species nearly identical to the human isolate of B. rochalimae [9] was identified in a Pulex flea collected on a human in Cuzco, Peru, based on the sequence of a fragment of the intergenic spacer region (ITS) [20].…”

Revisão taxonômica e filogenia do gênero Noctiliostrebla Wenzel, 1966 (Diptera, Streblidae)

“…Para os genes 12S e COI, os primers e o protocolo de amplificação foram os mesmos descritos por Pinto-da-Rocha et al (2013). Para o cytB foram testados os dois conjuntos de primers (A6-B2/A5-B1.1) utilizados por Dittmar de la Cruz & Whiting (2003), visto que se tratavam de conjuntos sobrepostos, porém o conjunto A6-B2 não amplificou em nenhuma das tentativas. Ao sobrepor os quatro primers sobre diversas sequências mitocondriais completas, obtidas no GenBank para diversas espécies de Diptera, observou-se que o primer B2 tratava-se de um forward e não de um reverse como consta no trabalho de Dittmar de la Cruz & Whiting (2003).…”

“…Para o cytB foram testados os dois conjuntos de primers (A6-B2/A5-B1.1) utilizados por Dittmar de la Cruz & Whiting (2003), visto que se tratavam de conjuntos sobrepostos, porém o conjunto A6-B2 não amplificou em nenhuma das tentativas. Ao sobrepor os quatro primers sobre diversas sequências mitocondriais completas, obtidas no GenBank para diversas espécies de Diptera, observou-se que o primer B2 tratava-se de um forward e não de um reverse como consta no trabalho de Dittmar de la Cruz & Whiting (2003). Além disso, também observou-se que o conjunto B2-B1.1 gerava uma sequência maior que o conjunto A5-B1.1, sendo dessa forma o primeiro conjunto utilizado para a amplificação.…”

“…Além disso, também observou-se que o conjunto B2-B1.1 gerava uma sequência maior que o conjunto A5-B1.1, sendo dessa forma o primeiro conjunto utilizado para a amplificação. Testes de gradiente para a temperatura de anelamento foram conduzidos para essa nova combinação de primers e dentre as temperaturas de 40ºC (temperatura utilizada por Dittmar de la Cruz & Whiting, 2003), 45ºC e 47ºC, aquela que obteve os melhores resultados foi a de 45ºC.…”