Fungal Nomenclature: Managing Change is the Name of the Game

Abstract

Fungal species have undergone and continue to undergo significant nomenclatural change, primarily due to the abandonment of dual species nomenclature in 2013 and the widespread application of molecular technologies in taxonomy allowing correction of past classification errors. These have effected numerous name changes concerning medically important species, but by far the group causing most concern are the Candida yeasts. Among common species, Candida krusei, Candida glabrata, Candida guilliermondii, Candida lusitaniae, and Candida rugosa have been changed to Pichia kudriavzevii, Nakaseomyces glabrata, Meyerozyma guilliermondii, Clavispora lusitaniae, and Diutina rugosa, respectively. There are currently no guidelines for microbiology laboratories on implementing changes, and there is ongoing concern that clinicians will dismiss or misinterpret laboratory reports using unfamiliar species names. Here, we have outlined the rationale for name changes across the major groups of clinically important fungi and have provided practical recommendations for managing change.

A pseudo-outbreak of Cyberlindnera fabianii funguria: Implication from whole genome sequencing assay

“…This yeast species is commonly seen in fermented food products like alcohols ( Arastehfar et al., 2019 ; Van Rijswijck et al, 2019 ), and has also been used for treatment of waste water with a long history ( Kato et al., 1997 ). The species has now been assigned within the Wickerhamomycetaceae clade ( Kidd et al., 2023 ). Within this clade, there are several other species that have been reported to cause human infections, such as Wickerhamomyces anomalus and Cyberlindnera jadinii ( Treguier et al., 2018 ; Zhang et al., 2021 ).…”

Development of a Multiplex qPCR Assay for Fast Detection and Differentiation of Paracoccidioidomycosis Agents

“…In recent years, a great deal of diversity has been described among Paracoccidioides species, and there is an intense debate about how such diversity translates into taxonomic changes [ 1 , 2 ]. In 2009, the classic Paracoccidioides brasiliensis was split into the P. brasiliensis complex and P. lutzii [ 3 , 4 ].…”

Untitled

“…Молекулярный анализ, по сути, пролил свет на вопрос -действительно ли таксо номические группы, которые ранее были классифици рованы и названы на основе общих морфологических или фенотипических признаков, имеют одного общего предка (монофилетические рода), или же виды имеют смешанное происхождение, когда не все виды в пре делах рода являются родственными (полифилетические рода). Безусловно, в случае полифилетических родов оправдан перевод тех видов, которые не имеют общего предка, в более подходящий в филогенетическом плане род [1].…”

“…Пересмотренные наименования должны быть включены в официальные программы обучения и контроля знаний. Этому будет в значительной степени способствовать включение обнов ленных наименований в медицинские справочные изда ния и руководства по клинической микробиологии и ан тимикробной терапии [1].…”

“…Существует огромный потенциал для международ ных организаций и научных обществ, возможно, и че рез совместные рабочие группы, в обучении лаборатор ного персонала путем проведения семинаров, создания информационных бюллетеней и разработки современ ных практических рекомендаций на международном уровне [1].…”