Functional Metagenomic Screening for Antimicrobial Resistance in the Oral Microbiome

Tansirichaiya, Supathep; Reynolds, Liam J.; Roberts, Adam P.

doi:10.1007/978-1-0716-1518-8_3

Cited by 2 publications

(1 citation statement)

References 33 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…Of the more than 700 oral bacterial species, one-third of them are not cultured in the laboratory yet due to difficult and unknown proper conditions for growth [29,30], which has created challenges for characterizing the resistome in the oral microbiome. Functional metagenomics is a culture-independent approach, which relies on phenotypes of resistance genes, rather than the sequences of the resistance genes as in PCR and microarray [31][32][33]. It is, therefore, a method with the potential to discover completely novel resistance genes [34][35][36][37], without culturing bacteria.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Functional screening of a human saliva metagenomic DNA reveal novel resistance genes against sodium hypochlorite and chlorhexidine

et al. 2021

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Objective Many sections of the health care system are facing a major challenge making infectious disease problematic to treat; antimicrobial resistance (AMR). Identification and surveillance of the resistome have been highlighted as one of the strategies to overcome the problem. This study aimed to screen for AMR genes in an oral microbiota, a complex microbial system continuously exposed to antimicrobial agents commonly used in dental practice. Materials and methods As a significant part of the oral microbiome cannot be conventionally cultured, a functional metagenomic approach was chosen. The human oral metagenomic DNA was extracted from saliva samples collected from 50 healthy volunteers in Norway. The oral metagenomic library was then constructed by ligating partially digested oral metagenome into pSMART BAC vector and introducing into Escherichia coli. The library was screened against antimicrobials in dental practices. All resistant clones were selected and analyzed. Results Screening of the oral metagenomic library against different antimicrobials detected multiple clones with resistance against chlorhexidine, triclosan, erythromycin, tetracycline, and sodium hypochlorite. Bioinformatic analysis revealed both already known resistance genes, including msr, mef(A), tetAB(46), and fabK, and genes that were not previously described to confer resistance, including recA and accB conferring resistance to sodium hypochlorite and chlorhexidine, respectively. Conclusion Multiple clones conferring resistance to antimicrobials commonly used in dental practices were detected, containing known and novel resistant genes by functional-based metagenomics. There is a need for more studies to increase our knowledge in the field.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Functional screening of a human saliva metagenomic DNA reveal novel resistance genes against sodium hypochlorite and chlorhexidine

et al. 2021

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Oropharyngeal microbiota proﬁ ling in chronic tonsillitis patients receiving polyvalent pyobacteriophage: A non-randomised experimental clinical trial

Misyurina

Gadeliya

2021

Kuban. nauсh. med. vestnik

View full text Add to dashboard Cite

АННОТАЦИЯВведение. За последние годы отмечается возрастание частоты хронической патологии небных миндалин в 1,5-1,8 раза. Проблема выбора оптимального метода лечения хронического тонзиллита остается актуальной, несмотря на многочисленные исследования и оптимизацию лечебно-диагностического процесса.Цель работы -провести анализ микрофлоры ротоглотки у пациентов с хроническим тонзиллитом при лечении поливалентным пиобактериофагом.Методы. За период 2018-2021 гг. под наблюдением находились 126 пациентов с диагнозом «хронический тонзиллит, компенсированная форма». Оценивались качественные и количественные характеристики микрофлоры ротоглотки на момент включения в исследование, сразу после окончания курса лечения и через 3 месяца. Пациенты были разделены на 2 группы: в основной группе (n = 65) выполняли вакуумное промывание лакун небных миндалин на аппарате «Тонзиллор ММ», также назначался поливалентный пиобактериофаг; в группе сравнения (n = 61) выполняли только санацию лакун небных миндалин на аппарате «Тонзиллор ММ». В исследование включена контрольная группа здоровых добровольцев. Статистическую обработку полученных данных проводили при помощи метода хи-квадрат Пирсона, с применением статистической программы SPSS 23. Различия считали статистически значимыми при р < 0,05.Результаты. Сравнительный анализ количественных показателей персистенции отдельных представителей микробиоты слизистой оболочки миндалин (частота выделения, плотность микробной колонизации) показал у пациентов с хроническим тонзиллитом существенное увеличение представителей стафилококков, ß-гемолитических стрептококков, энтеробактерий, грамотрицательных анаэробных бактерий, а также грибов в сравнении с контрольной группой (р < 0,05). Проведенное лечение положительно отразилось на состоянии микробиоты в сравнении с контрольной группой, однако лучший эффект установлен при применении поливалентного пиобактериофага. На основании микробиологического исследовании отмечалась стабильность достигнутых результатов при динамическом наблюдении за пациентами. В группе пациентов, которым выполняли санацию на аппарате «Тонзиллор ММ», через 3 месяца наблюдается дисбиотическая картина 2-3-й степени у 47,5% (29 человек), а при использовании поливалентного пиобактериофага таких пациентов было 7,7% (5 человек) (р < 0,01).

show abstract

Functional Metagenomic Screening for Antimicrobial Resistance in the Oral Microbiome

Cited by 2 publications

References 33 publications

Functional screening of a human saliva metagenomic DNA reveal novel resistance genes against sodium hypochlorite and chlorhexidine

Functional screening of a human saliva metagenomic DNA reveal novel resistance genes against sodium hypochlorite and chlorhexidine

Oropharyngeal microbiota proﬁ ling in chronic tonsillitis patients receiving polyvalent pyobacteriophage: A non-randomised experimental clinical trial

Contact Info

Product

Resources

About