Full-length sequences of 11 hepatitis C virus genotype 2 isolates representing five subtypes and six unclassified lineages with unique geographical distributions and genetic variation patterns

Abstract

In this study, we characterized full-length hepatitis C virus (HCV) genome sequences for 11 genotype 2 isolates. They were isolated from the sera of 11 patients residing in Canada, of whom four had an African origin. Full-length genomes, each with 18-25 overlapping fragments, were obtained by PCR amplification. Five isolates represent the first complete genomes of subtypes 2d, 2e, 2j, 2m and 2r, while the other six correspond to variants that do not group within any assigned subtypes. These sequences had lengths of 9508-9825 nt and each contained a single ORF encoding 3012-3106 aa. Predicted amino acids were carefully inspected and unique variation patterns were recognized, especially for a 2e isolate, QC64. Phylogenetic analysis of complete genome sequences provides evidence that there are a total of 16 subtypes, of which 11 have been described here. Co-analysis with 68 partial NS5B sequences also differentiated 18 assigned subtypes, 2a-2r, and eight additional lineages within genotype 2, which is consistent with the analysis of complete genome sequences. The data from this study will now allow 10 assigned subtypes and six additional lineages of HCV genotype 2 to have their full-length genomes defined. Further analysis with 2021 genotype 2 sequences available in the HCV database indicated that the geographical distribution of these subtypes is consistent with an African origin, with particular subtypes having spread to Asia and the Americas.

A panel of 16 full-length HCV genomes was characterized in China belonging to genotypes 1–6 including subtype 2f and two novel genotype 6 variants

“…After the tree files were generated, the tree topology was displayed, and the nucleotide similarities were calculated using the MEGA5 software (Kumar et al, 2004). To detect possible virus recombination events, we used RDP3 as previously described (Martin et al, 2010; Li et al, 2012). …”

Phylodynamic of HCV Populations

“…В отличие от субтипов 1а и 1b движущей силой гло-бальной дессиминации генотипа 2 стали трансатлантиче-ская работорговля, при которой было перемещено около 17 млн человек из стран Западной Африки в Северную и Южную Америку, и колониальная политика европейских стран, охватившая африканский континент и азиатские страны [11,12]. В период 1700-1850 гг.…”

“…В Турции экспоненциальный рост популяции субтипа 1b происходил в 1940-1999-х гг. за счет распространения изолятов, циркулировавших ис-ключительно внутри страны, в основном при проведении различных парентеральных медицинских манипуляций, в результате чего турецкие изоляты субтипа 1b сформи-ровали четкую монофилитическую группу, отличную от изолятов соседних стран Средиземноморья [9].Анализ полноразмерных геномов 7 субтипов ВГС ге-нотипа 1 (1a, 1b, 1c, 1e, 1g, 1h, 1l), идентифицированных на территории Камеруна, позволил предположить, что именно эта страна является регионом происхождения вариантов ВГС генотипа 1 [10].В отличие от субтипов 1а и 1b движущей силой гло-бальной дессиминации генотипа 2 стали трансатлантиче-ская работорговля, при которой было перемещено около 17 млн человек из стран Западной Африки в Северную и Южную Америку, и колониальная политика европейских стран, охватившая африканский континент и азиатские страны [11,12]. В период 1700-1850 гг.…”

Molecular Epidemiology Features of Hepatitis C Virus Isolates From Different Regions of the Republic Sakha (Yakutia)

“…Большинство редких субтипов генотипа 2 имеют ограниченный ареал и, как правило, вы-делены от пациентов африканского или азиат-ского происхождения [31].…”