Full genome sequence of the first SARS-CoV-2 detected in Mexico

Abstract

SARS-CoV-2 was first detected in the city of Wuhan, Hubei Province, China. In this report, we describe the complete genome sequence of the first imported SARS-CoV-2, detected in a Mexican patient who had traveled to Bergamo, Italy. Phylogenetic analysis showed that this isolate belongs to subclade A2a (lineage G) and is closely related to isolates from Finland, Germany and Brazil, all of which were from patients with a history of travel to Italy. This is the first report of the complete genome sequence of this virus in Mexico.

Distribución de los valores del Ct en la RT-PCR para SARS-CoV-2 al momento del diagnóstico en pacientes pediátricos mexicanos

“…Con respecto a las variaciones genéticas que pueden llegar a tener los virus, y en el caso especial del virus SARS-CoV-2, no contamos con evidencias que sustenten en estos momentos que las diferentes cepas circulantes en nuestro país tengan alguna particularidad en su comportamiento y por ende la patogénesis de la enfermedad. Lo que se ha reportado 21 es el análisis genómico de las primeras variantes del SARS-CoV-2 introducidas en México, se ha realizado un análisis que demostró que el primer caso identificado en México pertenece al subclase A2a (linaje G) y está estrechamente relacionado con los aislados de Finlandia, Alemania y Brasil. Otro dato importante es que los primeros casos identificados de pacientes tienen antecedentes de viajes a Italia.…”

“…Esta mutación es una homoplasia que se produce de forma independiente a través del tiempo y el espacio, y puede funcionar como un marcador molecular para seguir cualquier propagación adicional de estas variantes virales por todo el país. 21,22 También debemos considerar que existe la posibilidad de que este fenómeno sea consecuencia de las diferentes estrategias diagnósticas implementadas en el país y específicamente en las áreas clínicas de nuestro instituto, pues se están identificando pacientes en etapas tempranas. Al observar el comportamiento del Ct obtenido en los pacientes y descrito en la Figura 2B, podríamos pensar que la cantidad de virus circulante es cada día menor; sin embargo, de esta especulación aún no existen datos que afirmen o rechacen el planteamiento, es por ello que dejamos esta pregunta o cuestionamiento sin respuesta alguna.…”

“…[27][28][29][30][31] Hoy en día que se ha comenzado a estudiar el genoma del virus, se empiezan a generar publicaciones sobre las cepas circulantes y sus características. 21,22 Los valores del Ct al momento del diagnóstico identificados en niños mexicanos son mayores que los reportados en otros sitios del mundo, lo que podría sugerir una menor cantidad de ARN viral en nuestra población al momento del diagnóstico.…”

Cross-disciplinary approaches to assist with nucleic acid testing for SARS-CoV-2

“…Metagenome sequencing, including next generation sequencing (NGS) and nanopore sequencing, have been used to obtain the full genome of SARS-CoV-2 to facilitate better understanding of its evolution, transmission, and pathogenicity (Garces-Ayala et al 2020 ; Laamarti et al 2020 ). However, NGS techniques are costly, time-consuming, low-throughput, and require large amounts of viral templates (e.g., viral load ≥ 10 5 copies/mL) (Xiao et al 2020b ), and hence are usually not adopted as the initial NAT method(s) for virus detection.…”

The spreading of Covid-19 in Mexico: A diffusional approach

“…The international scientific interest on Covid-19 is of great proportions, as indicated by the large number of publications in specialized journals of medicine, biology, mathematics, physics and chemistry, mainly (e.g. [5] , [6] , [10] , [11] , [12] , [13] , [20] , [22] , [24] , [29] , [31] ). The epidemic risk of each region is a function of factors such as geographic proximity, the population spatial distribution [32] , the economic development [3] and the migration index.…”