O prontuário odontológico é um documento médico-legal importante para o registro adequado dos serviços prestados pelo profissional, sendo fundamental para o melhor acompanhamento longitudinal da saúde bucal. A competência para seu adequado preenchimento deve ser desenvolvida pelos alunos desde o início de sua atuação clínica, no ambiente de ensino. Este estudo avaliou a qualidade de preenchimento de prontuários odontológicos por alunos em diferentes níveis de formação, nas atividades clínicas de Odontopediatria, da Faculdade de Odontologia da Universidade Federal de Minas Gerais, Brasil. Os dados foram coletados através dos prontuários de pacientes atendidos entre o segundo semestre de 2013 e o segundo semestre de 2019. A qualidade de preenchimento foi analisada descritivamente, categorizando as seções do prontuário como totalmente, parcialmente ou não preenchidas. Posteriormente, uma análise bivariada avaliou a qualidade de preenchimento por alunos do 3º e 6º períodos (p< 0,05). Dos 296 prontuários analisados, nenhum apresentou o preenchimento adequado de todas as seções. As principais falhas observadas foram: dados incompletos no termo de consentimento livre e esclarecido (75%), no índice de sangramento gengival (72,9%) e no diagnóstico da condição bucal (68,6%). Adicionalmente, 51% dos prontuários tinham os dados da identificação dos pacientes parcialmente preenchidos. Não houve diferença estatisticamente significativa na qualidade de preenchimento dos prontuários entre alunos do 3º e 6º períodos. Os presentes resultados evidenciam falhas no preenchimento dos prontuários odontológicos, que se mantiveram ao longo da formação dos alunos. Sendo assim, ressaltam a necessidade de estratégias de sensibilização dos corpos discente e docente, objetivando a manutenção adequada destes registros, por sua relevância ética, legal e científica.