Five Draft Genome Sequences of Historical Yersinia pestis Strains of Phylogroups 2.MED4 and 2.MED1 of the Medieval Biovar

Abstract

We announce the genome sequences of five historical highly virulent Yersinia pestis strains of the phylogroups 2.MED4 and 2.MED1 of the medieval biovar. They were the etiological agents of plague outbreaks with high mortality rates in the Northern Caspian Sea region at the end of the 19th century and beginning of the 20th.

Pheno- and genotypic characteristics of Yersinia pestis strains from phylogroups 2.MED4 and 2.MED1 – etiological agents of 20th-century plague outbreaks in the Caspian Sea region

“…Сравнение 78 генов жизнеобеспечения и вирулентности штаммов Y. pestis филогрупп 2.MED4 и 2.MED1 проводили, выравнивая участки генов на референсную последовательность Y. pestis CO92 (номер доступа в GenBank NC_003143.1) с помощью программы MEGA X, exonerate [10] и алгоритма BLAST. Полногеномные последовательности исследованных геномов были депонированы нами ранее в NCBI GenBank [1,3,4].…”

“…Нами проведен сравнительный анализ 78 генов вирулентности и «домашнего хозяйства» у штаммов Y. pestis филогруппы 2.MED4 и штаммов других ветвей средневекового биовара, полногеномные последовательности которых были депонированы нами ранее в базе данных NCBI GenBank [1,3,4]. С помощью программ MEGA X, exonerate и алгоритма BLAST были проанализированы гены, кодируемые хромосомой (43 гена) и тремя плазмидами возбудителя чумы: pMT1 (3 гена), pCD1 (29 генов), pPCP1 (3 гена).…”

“…Из генов, расположенных на плазмиде pCD1, было проанализировано 29 генов, кодирующих вирулон Yop (yopEHJKMT, ypkA), компоненты системы секреции III типа (yscBCDEFGKLOPQRSTUYVX, ssaJ, lcrRO), V антиген (lcrV Отсутствие значимых фенотипических различий в дифференциальных биохимических свойствах между филогруппами 2.MED4 и 2.MED1 можно объяснить коротким периодом их дивергенции, а также одинаковыми условиями существования в природных экосистемах Прикаспийского региона. Согласно полученным нами результатам в этой и других работах, а также данным эпизоотологического мониторинга, можно предположить симпатрический сценарий образования этих популяций средневекового биовара [3][4][5]. Последствия обнаруженных однонуклеотидных замен в генах вирулентности и жизнеобеспечения, обусловивших дивергенцию этих филогрупп, еще предстоит выявить.…”

“…Вид Y. pestis включает несколько основных филогенетических линий, одна из которых -2.MED (средневековый биовар) -является возбудителем в очагах чумы в Российской Федерации и сопредельных государствах на общей площади 1959965 км 2 [1,2]. Для штаммов этого биовара характерна экологическая пластичность, его популяции существуют в очагах различного типа: пустынных, полупустынных, горных, высокогорных, равнинных, в том числе и с высокой степенью аридизации, в которых не циркулируют другие биовары и подвиды Y. pestis [1][2][3][4][5]. Согласно историческим данным, наибольшую активность в XX веке Y. pestis проявила в очагах Прикаспийского региона, где в первой половине этого века произошли вспышки чумы с высоким процентом летальности [5].…”

“…Согласно историческим данным, наибольшую активность в XX веке Y. pestis проявила в очагах Прикаспийского региона, где в первой половине этого века произошли вспышки чумы с высоким процентом летальности [5]. Методами полногеномного SNP-анализа и филогенетической реконструкции 38 штаммов Y. pestis средневекового биовара нами установлено, что этиологическими агентами этих вспышек чумы в северной части Прикаспия были штаммы Y. pestis средневекового биовара филогрупп mir-journal.org Характеристика штаммов Yersinia pestis 2.MED1 и ранее не известной филогруппы 2.MED4 [3,4]. При сравнении корового генома (от англ.…”