En la pandemia actual por el virus SARS-CoV-2, la certeza diagnóstica y las medidas de contención epidemiológica dependen en gran medida de realizar pruebas de Reacción en cadena de la polimerasa con transcripción reversa (RT-PCR) de forma masiva a la población, aunque éstas son mínimamente invasivas, no están exentas de complicaciones en un mínimo porcentaje, que van desde rotura del hisopo, hasta lesiones de la mucosa, abscesos. En personas con alteraciones anatómicas o traumáticas se han notificado fístulas de líquido cefalorraquídeo posterior al hisopado nasal. Presentamos el primer reporte de caso en nuestro país de una fístula de líquido cefalorraquídeo (LCR) secundaria a un hisopado nasal para realizar una prueba RT-PCR, en un paciente de género masculino, con antecedente de traumatismo nasal.