Mengetahui keberadaan infeksi parasite pada ikan budidaya disuatu lokasi akuakultur merupakan salah satu faktor penting untuk langkah pendataan awal dan upaya pengendalian penyakit ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis parasit, prevalensi dan intensitas parasit yang menyerang ikan lele (Clarias sp) dan ikan nila (Oreochromis niloticus) di dua lokasi yaitu balai benih ikan Oeluan dan kolam bioflok Timur Mandiri Kefamenanu, Kabupaten Timur Tengah Utara, Nusa Tenggara Timur. Sampel ikan diambil secara acak dari dua lokasi dengan jumlah 30 ekor untuk setiap jenis ikan. Hasil penelitian didapat dua jenis parasit yang yang menyerang ikan nila yaitu parasit Cichlidogyrus sp. dan Trichodina sp. sedangkan pada ikan lele ditemukan tiga jenis parasit yaitu Dactylogyrus sp., Gyrodactylus sp., dan Quadriacanthus sp.. Prevalensi parasit tertinggi pada ikan lele yaitu infeksi parasite Gyrodactylus sp. sebesar 21,6% sedangkan nilai intensitas parasit yang menyerang ikan lele sama yaitu 2 individu/ekor. Prevalensi parasit tertinggi pada ikan nila yaitu parasit Cichlidogyrus sp. yaitu 30% sedangkan nilai intensitas parasit pada ikan nilai yaitu antara 2-5 individu/ekor.