As orquídeas possuem raízes que crescem sobre outras plantas sem parasitá-las, nelas ainda podemos encontrar fungos em simbiose com seu sistema radicular, onde ambos se beneficiam com transferência de nutrientes entre eles. Esses fungos são septados com características de hifas enoveladas denominado pelotons, os quais são classificados como micorrizas orquidóides, onde são representados pelos principais gêneros Rhizoctonia, Ceratorhiza e Epulorhiza. Algumas espécies de Orchidaceae estão entrando em extinção, pois, alterações em seus habitats ocasionam a morte de determinadas espécies, comprometendo a associação dos fungos com as orquídeas, sendo uma problemática para a realização de pesquisas sobre espécies de fungos encontrados nas raízes de Orchidaceae. O objetivo deste trabalho foi realizar o levantamento e identificação das espécies de Orchidaceae, analisando as espécies de fungos encontrados na microbiota das raízes das orquídeas. A pesquisa foi realizada em uma usina hidroelétrica de Pimenta Bueno, Rondônia, onde o material botânico foi coletado de epífitas e identificado utilizando bibliografias especializadas em abril de 2013, deste material foi coletado um total de 21 indivíduos, com as amostras de tecido radicular em laboratório, as raízes foram esterilizadas, maceradas e semeadas em placa de Petri com BDA incubando-as. Após o crescimento, os fungos foram observados em microscópio óptico, onde foram identificados somente nove fungos micorrizicos sendo o fungo Rhizoctonia encontrado nas orquídeas Anacheilium vespa e Catasetum osculatum, Ceratorhiza em Catasetum osculatum, Epidendrum noturnum e Ocidium sp. todos da família Ceratobasidiaceae. Na caracterização macroscópica todos os isolados apresentaram micélios aéreo abundante, crescimento rápido, aspecto aveludado, sendo de coloração diferenciada onde os isolados MOB4, MOB5, MO6, MO8, MO12 e MO16 eram brancos, MO10 creme, MOC4 e MOC5 quando jovens, brancos e na maturidade tornaram-se cinzas. Com isso pode se concluir que as orquídeas encontradas no lago da UHE associam-se a fungos micorrizicos do gênero Ceratorhiza e Rhizoctonia da família Ceratobasidiaceae. Mesmo com a perda da mata ciliar desta área as orquídeas vêm resistindo as ações antrópicas ocorridas no local, onde estes fungos desempenham um papel crucial no desenvolvimento e estabelecimento destas orquídeas.