Introducción. El perfil de las enfermedades gastrointestinales cambia permanentemente a nivel mundial y local, lo cual incide en la sospecha diagnóstica y el manejo médico.Objetivo. Establecer los principales diagnósticos en una unidad de gastroenterología, hepatología y nutrición pediátrica de Bogotá entre 2009 y 2013 y compararlos con los hallazgos de la misma unidad en los dos quinquenios previos (1997 a 2006).Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo retrospectivo. Se revisaron las historias clínicas para extraer los diagnósticos. Los datos de los quinquenios previos se tomaron de los archivos institucionales. Se hizo un análisis univariado y se calcularon las frecuencias absolutas y relativas para las variables cualitativas, y las medidas de tendencia central y de dispersión para las cuantitativas.Resultados. Se consultaron los diagnósticos de 1.171 pacientes, 51,8 % (607) de ellos de sexo masculino, y 64 % (753) menores de cinco años de edad. Los principales diagnósticos fueron: estreñimiento crónico funcional (33,9 %), alergia alimentaria (23,5 %), trastornos de la conducta alimentaria (5,5 %), enfermedad por reflujo gastroesofágico (4,1 %), enfermedad ácido-péptica (4,1 %), diarrea persistente (3,8 %) y fibrosis quística (3,4 %). Al comparar este último período con los anteriores,se observó un descenso de la enfermedad acido-péptica, en tanto que el estreñimiento, que estaba en segunda posición, ascendió al primer lugar. La alergia alimentaria, que no se registró entre los primeros diez diagnósticos en los periodos previos, apareció en segundo lugar en este último.Conclusiones. En el último quinquenio, el estreñimiento fue el primer diagnóstico gastrointestinal, seguido por la alergia alimentaria, lo cual concuerda con la tendencia mundial. Por ello, es fundamental aplicar los algoritmos de diagnóstico, así como ofrecer tratamiento oportuno y programas de prevención.