Cet article s’intéresse aux modalités concrètes du gouvernement par régime de standardisation tripartite. Cette forme de régulation alliant standards volontaires, certification et accréditation est de plus en plus utilisée dans de nombreux domaines de l’activité économique. À partir du cas de l’agriculture biologique, pour laquelle la certification par tierce partie accréditée a été imposée par l’Union européenne à partir des années 1990, nous montrons que cette régulation repose en réalité sur une imbrication de marchés, dont nous explorons les caractéristiques et les effets. Les marchés des produits biologiques sont étroitement imbriqués dans trois marchés de services (le marché des standards, de la certification, et de l’accréditation), dont les dynamiques concurrentielles expliquent la trajectoire d’européanisation puis de globalisation du secteur. Nous soulignons aussi les limites de ce mode de régulation, dans lequel le contrôlé paie le contrôleur et qui fait peser l’essentiel du coût et des contraintes du contrôle sur les agriculteurs. Ces limites génèrent des critiques croissantes au sein du mouvement pour l’agriculture biologique, certains acteurs proposant de revenir aux formes participatives de contrôle non marchand forgées par les militants initiaux.