Los bosques cambian dependiendo del manejo que las comunidades que en ellos habitan llevan a cabo, resultando en ganancias o pérdidas de vegetación. Los cafetales bajo sombra en comunidades indígenas han sido ampliamente estudiados en su conservación de la biodiversidad; la mayoría de los estudios se concentran a nivel parcela, pero han sido poco estudiados en el nivel de territorio, lo cual resulta relevante, especialmente en comunidades donde existe una propiedad social de la tierra, por ello, se realizó una investigación tomando como caso de estudio a la comunidad mixe de San José El Paraíso donde las decisiones sobre el manejo del territorio y uso del suelo, incluyendo las áreas destinadas para la producción de café, se realizan de manera colectiva. El objetivo fue reconocer los cambios en la cobertura forestal a nivel territorio, en términos de disminución o aumento de vegetación y comprender los factores que contribuyeron en estos cambios, en relación con la introducción, mantenimiento o eliminación de cafetales bajo sombra. Se llevó a cabo una revisión histórica sobre el uso del territorio, de los recursos de uso común y de las áreas destinadas a la producción de café. Se utilizaron herramientas metodológicas como la observación participante, entrevistas estructuradas y revisión documental. Los resultados muestran que existe una relación entre ganancia y pérdida de vegetación con la producción de café, como parte de las decisiones acordadas en asamblea. La diversificación de las zonas productivas y de la cobertura arbórea se debe al uso múltiple de los recursos del cafetal y del territorio.