Los ecosistemas con flujos de servicios ambientales óptimos ofrecen una adecuada calidad en sus hábitats que coadyuvan a mantener su biodiversidad. Esta calidad puede reducirse por los factores de mayor intensidad y cercanía al hábitat, lo que puede estudiarse con herramientas geoespaciales. Este trabajo evaluó los niveles de degradación relativa de hábitat en la cuenca Guayalejo-Tamesí (Tamaulipas, México), respecto a los factores adyacentes que amenazan su calidad, usando el modelador Habitat Quality del Toolbox InVest 1.005beta para ArcGis-9.2. Los ecosistemas con menor amenaza a su hábitat (degradación nula o menor a 20 %) y con mejores oportunidades de conservación, representan el 77,3 % de la superficie de la cuenca. Particularmente, los hábitats montañosos (bosques templados y mesófilo) son los mejor conservados, pues más del 80 % de su superficie se encuentra libre de degradación; destaca el bosque mesófilo de montaña, con un 94 % de su superficie no degradada, debido a su escasa exposición a factores amenazantes. Se concluye que, a pesar del uso intensivo del territorio de la cuenca, existen ecosistemas bien conservados, especialmente en zonas aisladas; la mayoría de ellas carecen de protección legal, por lo que se encuentran expuestas a la ampliación y agravamiento de las amenazas antropogénicas estudiadas.