Evaluation of genetic diversity of Portuguese Pinus sylvestris L. populations based on molecular data and inferences about the future use of this germplasm

Carvalho, Ana; Fernandes, Cláudia Oliveira; Gaspar, Maria João; Pires, Joana; Bento, João; Roxo, L.; Lousada, J.; Lima-Brito, José

doi:10.1007/s12041-013-0241-3

Cited by 16 publications

(16 citation statements)

References 16 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…This coefficient genetic similarity in this study was similar to those of Pinus sylvestris progeny range 0.69 to 0.94 (Cipriano et al 2013). For comparison study on Melia azedarach in community forest founded that the similarity index values of 0.02-0.65, indicating a small genetic variation among the family (Yulianti 2011).…”

Section: Gene C Relatedness Based On Rapdsupporting

confidence: 84%

Assessment of genetic diversity among surian Toona sinensis Roem in progenies test using random amplified polymorphic DNA markers

Jayusman¹,

Na'iem²,

Indrioko³

et al. 2018

Indones. J. Biotechnol.

View full text Add to dashboard Cite

Surian Toona sinensis Roem is one of the most widely planted species in Indonesia. This study aimed to esmate the gene c diversity between a number of surian popula ons in a progeny test using RAPD markers, with the goal of proposing management strategies for a surian breeding program. Ninety-six individual trees from 8 popula ons of surian were chosen as samples for analysis. Eleven polymorphic primers (OP-B3, OP-B4, OP-B10, OP-H3, OP-Y6, OP-Y7, OP-Y8, OP-Y10, OP-Y11, OP-Y14, and OP-06) producing reproducible bands were analyzed for the 96 trees, with six trees per family sampled. Data were analyzed using GenAlEx 6.3, NTSYS 2.02. The observed percentage of polymorphic loci ranged from 18.2% to 50%. The mean level of gene c diversity among the surian popula ons was considered to be moderate (He 0.304). Cluster analysis grouped the genotypes into two main clusters, at similarity levels of 0.68 and 0.46. The first two axes of the PCoA explained 46.16% and 25.54% of the total varia on, respec vely. The grouping of samples into clusters and subclusters did not correspond with family and their distances, but the grouping was in line with the gene c distances of the samples.

show abstract

Section: Gene C Relatedness Based On Rapdsupporting

confidence: 84%

Assessment of genetic diversity among surian Toona sinensis Roem in progenies test using random amplified polymorphic DNA markers

Jayusman¹,

Na'iem²,

Indrioko³

et al. 2018

Indones. J. Biotechnol.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…This level of differentiation is comparable to pine species with wide distribution ranges (Slatkin, 1985;Cipriano et al, 2013). Due to the lack of a geographical barrier between sampled populations of P. krempfii, the population differentiation in this species could have been caused by the fragmented nature of its distribution.…”

Section: Genetic Divergencesupporting

confidence: 54%

“…Compared to previous genetic diversity research in other Pinus species, Vietnamese P. krempfii showed the genetic diversity higher (PPB = 76,19% and I = 0.414) than Pinus nigra in China (PPB = 51.04% and I = 0.262), but lower than Pinus sylvestris in Portugal, Germany, and northern and southern Spain (PPB = 99.76% and I = 0.690) for ISSR markers (RubioMoraga et al, 2012;Cipriano et al, 2013).…”

Section: Genetic Divergencementioning

confidence: 80%

Genetic diversity of the endemic flat-needle pine Pinus krempfii (Pinaceae) from Vietnam revealed by SSR markers

Phòng¹,

Lieu²,

Hiền³

et al. 2015

Genet. Mol. Res.

View full text Add to dashboard Cite

ABSTRACT. Pinus krempfii Lecomte (Pinaceae) is an endemic tree to Vietnam with restricted habitats at higher altitudes in the highlands. In this study, genetic variation of four populations of P. krempfii was assessed using 17 microsatellite markers (single sequence repeats). Of these 17 markers, eight were polymorphic, and among the 42 putative alleles amplified, 32 were polymorphic (accounting for 76.19%). The Cong Troi population was found to be the most genetically diverse (Shannon's information index, I = 0.415, and percentage of polymorphic bands, PPB = 52.95%), whereas the Hon Giao population was found to have the lowest diversity (I = 0.330 and PPB = 47.06%). The genetic diversity at species level was also estimated (I = 0.414, PPB = 76.19%). Molecular variance was found to be low among populations (11.94%) and high among individuals within the populations (88.06%). Private alleles were not detected in the Hon Giao population. The Yang Ly population

show abstract

“…(2009) [4] đối với quần thể Bách xanh thu được ở Hà Tây (nay là Hà Nội), Lâm Đồng và Quảng Bình, thì quần thể Bách xanh ở Tây Nguyên có giá trị thấp hơn (0,101 so với 0,109, tương ứng), nhưng tỷ lệ phần trăm phân đoạn đa hình lại cao hơn (50,39% so với 39,29%, tương ứng) [4]. So sánh với một số loài lá kim khác trên thế giới và Việt Nam, loài Bách xanh ở Tây Nguyên có mức độ đa dạng di truyền (PPB=51,16% và I=0,254) tương đương với loài Pinus nigra ở phía nam Tây Ban Nha và phía bắc Morocco (PPB=51,04% và I=0,262) [9], nhưng lại thấp hơn loài Pinus sylvestris ở các khu vực khác nhau của Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Thụy Điển và Đức (PPB=99,76% và I=0,690) [3], hoặc loài Pinus krempfii của Việt Nam (PPB=76,19% và I=0,414) [13]; và cao hơn loài Pinus dalatensis của Việt Nam (PPB=50,53% và I=0,259) [12]. Kết quả phân tích trong bảng 3 cũng cho thấy, số alen hiệu quả (Ne) và hệ số gen dị hợp tử mong đợi (He) bộc lộ cao nhất ở quần thể Đatanla (Ne=1,227 và He=0,130), tiếp đến là quần thể Hòa Sơn (Ne=1,198 và He=0,117) và thấp nhất ở quần thể Kon Chư Răng (Ne=1,027 và He=0,015).…”

Section: đA Dạng DI Truyềnunclassified

Genetic diversity parameters in the natural populations of Calocedrus macrolepis in Tay Nguyen, Vietnam using ISSR markers

Lieu¹,

Quynh²,

Hiền³

et al. 2016

V J Bio

View full text Add to dashboard Cite

2 Trường Đại học Khoa học tự nhiên, ĐHQG Hà Nội TÓM TẮT: Bách xanh (Calocedrus macrolepis), một trong số 15 loài lá kim gặp ở Tây Nguyên, có khu phân bố rộng với số lượng cá thể lớn, nhưng đến nay đã bị khai thác nhiều để lấy gỗ và làm bột hương, phân bố của loài cũng đang bị thu hẹp dần. Nếu không được bảo vệ và nhân nuôi, loài này sẽ có nguy cơ bị tuyệt chủng. Trong nghiên cứu này, 30 chỉ thị ISSR đã được sử dụng để phân tích thông số về tính đa dạng nguồn gen di truyền của 70 cá thể Bách xanh thu ở Đatanla (Lâm Đồng), Hòa Sơn (Đắk Lắk) và Kon Chư Răng (Gia Lai) của Tây Nguyên, Việt Nam. Kết quả phân tích đã chỉ ra 25/30 chỉ thị có tính đa hình. Tổng số đã nhân bản được 129 phân đoạn DNA, trong đó 65 phân đoạn đa hình (chiếm 50,39%). Tính đa dạng di truyền thể hiện cao nhất ở quần thể Đatanla (I=0,192; h=0,102; PPB=35,66%; Ne=1,227 và He=0,130) và thấp nhất ở quần thể Kon Chư Răng (I=0,022; h=0,015; PPB=3,88%; Ne=1,027 và He=0,015). Tổng mức độ thay đổi phân tử (AMOVA) giữa các quần thể là 36,33% và giữa các cá thể trong cùng quần thể là 63,67%. Biểu đồ phân nhóm chia làm 2 nhánh chính và có mức độ tương đồng di truyền dao động từ 81,4% (Cm16 và Cm57) đến 99,1% (Cm62 và Cm65). Thông qua kết quả phân tích phân tử cho thấy loài Bách xanh cần có chiến lược sớm để bảo tồn loài ở mức quần thể. . Hầu hết các nghiên cứu trước đây mới chỉ tập trung vào việc phân loại dựa trên đặc điểm hình thái và vùng phân bố, còn nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen cho loài Bách xanh ở Tây Nguyên thì gần như chưa có. Trong các kỹ thuật phân tử như RAPD, SSR, ISSR, kỹ thuật ISSR được xem có hiệu quả cao trong nghiên cứu đa dạng di truyền trên nhiều loài thực vật, trong đó có cả một số loài lá kim trên thế giới và Việt Nam [1, 6,17,18].Bài báo này trình bày kết quả nghiên cứu thông số về tính đa dạng di truyền quần thể tự nhiên loài Bách xanh ở Tây Nguyên, Việt Nam bằng chỉ thị ISSR làm cơ sở cho việc đề xuất giải pháp bảo tồn, sử dụng và phát triển bền vững tính đa dạng sinh học ở Việt Nam. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUSử dụng 70 mẫu lá/vỏ/rễ (mỗi mẫu là một cá thể, chiều cao từ > 0,5 m đến 20 m) để phân tích phân tử được chọn ngẫu nhiên từ 165 cá thể thu tại ba quần thể Bách xanh tự nhiên. Các mẫu được bảo quản trong túi nhựa dẻo có chứa silicagel ngay tại thực địa và chuyển đến phòng thí nghiệm giữ ở nhiệt độ phòng đến khi sử dụng. Thông tin của các mẫu nghiên cứu như trong bảng 1. Trình tự 30 chỉ thị ISSR (Inter simple sequence repeat) trong nghiên cứu được khai thác từ các tài liệu Isshiki et al. (2008) Phương phápTách chiết DNA tổng số: DNA tổng số được TAP CHI SINH HOC 2015, 37(4): 463-469

show abstract

Evaluation of genetic diversity of Portuguese Pinus sylvestris L. populations based on molecular data and inferences about the future use of this germplasm

Cited by 16 publications

References 16 publications

Assessment of genetic diversity among surian Toona sinensis Roem in progenies test using random amplified polymorphic DNA markers

Assessment of genetic diversity among surian Toona sinensis Roem in progenies test using random amplified polymorphic DNA markers

Genetic diversity of the endemic flat-needle pine Pinus krempfii (Pinaceae) from Vietnam revealed by SSR markers

Genetic diversity parameters in the natural populations of Calocedrus macrolepis in Tay Nguyen, Vietnam using ISSR markers

Contact Info

Product

Resources

About