Objetivo: Caracterizar e analisar a gestão e a estruturação da Assistência Farmacêutica nos doze municípios de uma Região de Saúde do Rio Grande do Sul e identificar os desafios e avanços na organização dos serviços a partir da percepção de atores envolvidos nos processos de trabalho. Método: Trata-se de um estudo transversal em que a fonte de informação foram profissionais e gestores do Sistema Único de Saúde em âmbito municipal. A coleta de dados ocorreu em 2021, por meio de entrevistas remotas individuais, com aplicação de questionários semiestruturados e a análise dos dados aconteceu de forma quali-quantitativa. Resultados: A caracterização da Assistência Farmacêutica é heterogênea, com particularidades entre os municípios. Foram identificadas fragilidades quanto a déficits orçamentários, infraestrutura, e capacidade operacional, bem como dificuldades para formalização da Comissão de Farmácia e Terapêutica e Relação Municipal de Medicamentos. Além disso, observou-se integração insuficiente da Assistência Farmacêutica com os diferentes pontos de atenção à saúde e visão predominantemente focada no medicamento. Tais barreiras comprometem a integralidade do cuidado. Como potencialidades nos municípios da região, destacou-se aspectos normativos e a participação do farmacêutico nos instrumentos de planejamento e gestão, além da sensibilização de alguns gestores quanto a atuação com foco no cuidado ao paciente. Conclusão: Superar a fragmentação das ações e a visão restritiva do medicamento como mercadoria requer apoio dos gestores e consolidação do planejamento participativo.