Etat des lieux de la cartographie du génome du porc

Milan, Denis; Yerle, Martine; Robic, Annie; Lahbib-Mansais, Y.; Riquet, Juliette; Iannuccelli, Nathalie; Gellin, Joël

doi:10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3819

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“…Les microsatellites ont en effet été les marqueurs de référence des premières cartes génétiques des animaux d'élevage développées en Europe et aux USA à partir du début des années 90. Les cartes européennes ont été développées dans le cadre de projets associant l'INRA et les principaux autres laboratoires européens (Roslin Institute (RU), Université de Wageningen (PB) et d'Uppsala (SU)…) : PiGMaP (1991)(1992)(1993)(1994) chez le porc, BOVMAP (1993)(1994)(1995) chez les bovins, puis CHICK-MAP (1995-1998 chez le poulet et SALMAP (1997)(1998)(1999) chez les salmonidés (Levéziel et Cribiu 2000, Milan et al 2000a, Vignal 2000, Gharbi et al 2006. Les premières cartes génétiques étaient disponibles chez les bovins et le porc dès le milieu des années 90 (Archibald et al 1995).…”

Section: / Les Premières Cartes Génétiquesunclassified

De la génétique à la génomique

2008

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Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.

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