Ensaios de RT-qPCR para detecção de SARS-CoV-2: vantagens, limitações e perspectivas

Costa, Emanuela Avelar Silva; Oliveira, Ana Carolina Santana de; Costa, Misael Silva Ferreira; Ribeiro, Fernanda Pinheiro de Carvalho; Carneiro, Danrley Oliveira; Martins, Rodrigo Almeida; Amorim, Carolina Ferreira; Brito, Alexsandro dos Santos; Caterino–de–Araujo, Adele

doi:10.37423/200701759

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“…No interior do vírus há um nucleocapsídeo (N) que protege o RNA genômico (Figura 1). 12,13 O genoma de SARS-CoV-2 é de aproximadamente 30 Kb (quilo pares de base), onde na região 5' (mais de 21 Kb) se encontram as regiões abertas para leitura (open reading frames, ORFs), ORF1a/b que codificam poliproteínas não estruturais [proteases, polimerase (RNA dependent RNA polymerase, RdRP), helicase e endoribonuclease] e na região 3', os genes que codificam as proteínas estruturais S, E, M e N, e outras ORFs que codificam proteínas acessórias. O genoma do SARS-CoV-2 é ladeado pelas terminações não codificantes repetitivas (units terminal repeats) UTR 5' e UTR 3' (Figura 2).…”

Section: O Vírus E O Dignóstico Laboratorialunclassified

O Instituto Adolfo Lutz na pandemia COVID-19: Experiência no diagnóstico molecular e vigilância de SARS-CoV-2

Caterino-de-Araujo

2022

Bepa

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Este trabalho descreve os ensaios de rotina e as pesquisas realizadas no Instituto Adolfo Lutz (IAL), durante a pandemia de COVID-19, relacionadas ao diagnóstico molecular da Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). É apresentada a partícula viral, seu genoma e os ensaios e kits utilizados durante o período, contextualizando seu uso e apontando os de melhor desempenho e custo-efetividade. Ademais, destaca as pesquisas relacionadas à utilização de material biológico obtido de gargarejo, saliva, urina e tecidos. Por meio de sequenciamento de nova geração, descreve as variantes virais encontradas no estado de São Paulo e depositadas no Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) ao longo do tempo, dando ênfase às variantes de interesse (variant of interest, VOI) e de atenção (variant of concern, VOC). Apresenta estudos sobre: técnica de sequenciamento SANGER da região S (spike) do genoma viral, útil na triagem de VOI e VOC; predição de estrutura terciária, estabilidade e flexibilidade da proteína, com ênfase à região de ligação do vírus ao seu receptor na célula hospedeira na variante P.1; e casos de possível “falha vacinal” relacionados à idade, tipo/local de trabalho e de residência, e a variante viral infectante. Além disso, menciona e discute os Boletins de Monitoramento de SARS-CoV-2, Vigilância Epigenômica, emitidos regularmente pela Instituição, onde é possível acompanhar o surgimento de variantes virais identificadas em cada um dos 17 Departamentos Regionais de Saúde do estado de São Paulo. Por fim, apresenta a relação das pessoas envolvidas direta ou indiretamente na força-tarefa COVID-19 do IAL.

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Section: O Vírus E O Dignóstico Laboratorialunclassified

O Instituto Adolfo Lutz na pandemia COVID-19: Experiência no diagnóstico molecular e vigilância de SARS-CoV-2

Caterino-de-Araujo

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