Efficient and nontoxic DNA isolation method for PCR analysis

Hussein, A. S.; Nalbandyan, A. A.; Fedulova, T. P.; Bogacheva, N. N.

doi:10.3103/s1068367414030082

Cited by 8 publications

(4 citation statements)

References 7 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Выделение геномной ДНК из растительной ткани осуществляли при помощи 25% SDS и 4,5М ацетата аммония, а также наборами для выделения ДНК (ООО «Синтол») [14,15]. Качество экстрагированной ДНК было определено путем электрофореза в 0,8%-м агарозном геле с бромистым этидием.…”

Section: методикаunclassified

Nucleotide substitutions in the resistance gene to root-knot nematodes in sugar beet

et al. 2022

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Here we are testing the specific primers NEM06FWD2/NEM06REV2 and nem06FWD1/ nem06REV1 for the R6m-1 resistance gene to root-knot nematodes Meloidogyne spp. in breeding samples of sugar beet. Sugar beet plants of domestic and foreign breeding lines were the object of the study. To identify the relationship between R6m-1 gene, which is localized on the chromosome 1 and controls the stable level of the kinase activity signal, with sugar beet resistance to phytopathogens, PCR-analysis of 10 sugar beet samples were carried out using 2 pairs of molecular genetic markers. DNA amplification revealed a fragments ~500 bp and ~100 bp in length and as a result of sequencing of nucleotide sequences of R6m-1 gene region with subsequent alignment by Geneious Prime program, 3 single nucleotide substitutions (A/G, G/C, and G/A) in the resistant MS11018 genotype and one nucleotide substitution (A/G) and 3 deletions in a foreign hybrid Humber were identified. It can be assumed that these SNPs can form resistance by amino acid substitutions in the polypeptide chain. Finally, possibility to differentiate homozygous and heterozygous genotypes for this allele was shown.

show abstract

Section: методикаunclassified

Nucleotide substitutions in the resistance gene to root-knot nematodes in sugar beet

et al. 2022

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…КОЕ/1 мл [10]. Выделение геномной ДНК из растительной ткани осуществляли при помощи 20% SDS и 3,5 М ацетата аммония, а также наборами для выделения ДНК (ООО «Синтол») [11]. Качество выделенной ДНК было определено путем электрофореза в 1,5%-ном агарозном геле в присутствии бромистого этидия.…”

Section: методикаunclassified

Studying of the acid chitinase SE2 gene in sugar beet genotypes

et al. 2021

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Изучение гена кислой хитиназы SE2 в генотипах сахарной свеклы РЕЗЮМЕЦель работы -апробация специфического праймера FusA1F/FusA1R для изучения гена SE2, ответственного за экспрессию кислой хитиназы при стрессовых ситуациях. Материалом для исследования служили растения сахарной свеклы отечественной и зарубежной селекции. Для подтверждения связи гена SE2, локализованного на хромосоме 3 и контролирующего стабильный уровень работы кислой хитинизы, с устойчивостью сахарной свеклы к корневой гнили проведено генотипирование 10 образцов сахарной свеклы с использованием молекулярного-генетического маркера FusA1. Были выявлены по 2 ДНК-фрагмента длиной 600 п.н. и 400 п.н. во всех исследуемых генотипах, кроме растений дикой свеклы (Beta corolliflora Zoss.). В результате проведенных исследований гена SE2 идентифицированы восемь однонуклеотидных замен (3 T/C, 2 C/G, A/G, G/A, C/T) и 3 однонуклеотидные вставки (нуклеотид А) в растениях селекционного номера 9 (Sh.1) по сравнению с устойчивым генотипом. Растения данного гибрида и в полевых условиях проявляли признаки зараженности фузариозом. Можно предположить, что данные SNPs могут приводить к преодолению устойчивости (путем замены аминокислотной единицы в полипептиде) и, как следствие, снижению адаптационной способности растений. Studying of the acid chitinase SE2 gene in sugar beet genotypes ABSTRACTAim of the work was specific primers (FusA1F/FusA1R) testing to study the SE2 gene controlling acid chitinase effect under stress conditions. Plants of domestic and foreign sugar beet were the material for the investigation. To confirm relationship between the SE2 gene (localized to the chromosome 3) controlling steady effect of acid chitinase and sugar beet resistance to root rot, 10 sugar beet samples were genotyped using the FusA1 molecular marker. DNA-fragments of 600 and 400 b.p.in length were revealed in each of the investigated genotypes except plants of wild beet (Beta corolliflora Zoss.). As a result of molecular-genetic studies of the SE2 gene, eight single nucleotide polymorphism (3 T/C, 2 C/G, A/G, G/A, C/T) and 3 single nucleotide inserts (nucleotide A) were identified in plants of the breeding sample No. 9 (Sh.1). Plants of this genotype showed symptoms of fusariose infection under field conditions as well. It can be concluded that the SNPs data lead to overcoming of resistance (by changing an amino-acid unit in a polypeptide), and, as consequence, to decrease of plant adaptability.

show abstract

“…Для изучения популяционных генофондов лесных древесных растений широко используются различные молекулярно-генетические методы, позволяющие оценить уровень генетического разнообразия, степень дифференциации, определить генетическую структуру популяций и др. [6]. В на-стоящее время методы молекулярной генетики и биотехнологии все шире применяются в лесном хозяйстве для оценки и мониторинга состояния лесных генетических ресурсов, управления процессами лесовосстановления, фитосанитарного мониторинга лесных насаждений и питомников, получения селекционного посадочного материала [2].…”

Section: природопользование -----------------------------------------unclassified

Investigation of genetic diversity of poplar variety samples (populus l.) based on ssr-markers

Федулова¹,

Fedulova²,

Kondrat'eva³

et al. 2017

Forestry Engineering Journal

View full text Add to dashboard Cite

The object of the research were 28 plants with valuable breeding genotypes of the initial 40-year-old variety-testing cultures of white poplar (Populus alba L.), gray poplar (P. сanescens Sm.), presented by variety of samples of different origins. The purpose of the research was the selection of the most effective microsatellite primers for genetic identification of valuable breeding genotypes of poplar. The selection of high-polymorphic markers was conducted by testing a group of 12 SSR primers.

show abstract

Efficient and nontoxic DNA isolation method for PCR analysis

Cited by 8 publications

References 7 publications

Nucleotide substitutions in the resistance gene to root-knot nematodes in sugar beet

Nucleotide substitutions in the resistance gene to root-knot nematodes in sugar beet

Studying of the acid chitinase SE2 gene in sugar beet genotypes

Investigation of genetic diversity of poplar variety samples (populus l.) based on ssr-markers

Contact Info

Product

Resources

About