DNA as a Molecular Ruler: Interrogation of a Tandem SH2 Domain with Self‐Assembled, Bivalent DNA–Peptide Complexes

Abstract

Sonde mit zwei Peptiden: Die Selbstorganisation von DNA‐Komplexen ermöglicht die Präsentation von zwei Phosphopeptiden. Flexibilität und Abstand zwischen diesen Liganden lassen sich durch Wahl geeigneter DNA‐Template einstellen. Ein räumliches Screening der Tandem‐SH2‐Domäne von Syk‐Kinase mit diesen Sonden (siehe Bild) gab Hinweise auf zugängliche Anordnungen der beiden homologen Bindungstaschen und auf die Flexibilität des domänenverbindenden Proteinlinkers.

DNA‐Controlled Bivalent Presentation of Ligands for the Estrogen Receptor

“…Due to self-assembly of the DNA complex the rapid spatial screening of a receptor can be doen with minor synthetic effort. [8] In this approach, the ligand of a biological receptor is covalently attached to an oligonucleotide (Figure 1 a). The binding of two or more oligonucleotide-ligand conjugates to a template strand provides bi-or multivalent DNA-ligand conjugates.…”

Ascorbate as an Alternative to Thiol Additives in Native Chemical Ligation

“…In previous studies we had noticed that the thiol reagents commonly used in native chemical ligation chemistry can trigger undesired side reactions. [6] For a project concerned with the controlled spatial display of peptides on DNA architectures [18] we prepared various peptide-oligonucleotide conjugates by making use of native chemical ligation of peptide thioesters such as 1 with internally cysteine-modified oligonucleotides such as 20 (Figure 4 A). The aqueous ligation buffer included MESNa.…”

Multivalenz als chemisches Organisations‐ und Wirkprinzip

“…[128,129] [138] Eberhard et al statteten DNA-Architekturen mit Phosphopeptid-Liganden aus und nutzten die bivalenten Konjugate für das räumliche Screening von Tandem-Phosphopeptidbindungsdomänen der Syk-Kinase. [139] In dieser Arbeit wurden einzelsträngige Segmente in die Architekturen einbezogen, um Aussagen über die Flexibilität einer Proteindomäne treffen zu kçnnen. ¾hnlich gingen Abendroth et al bei Untersuchungen des Östrogenrezeptors vor (siehe Abbildung 14 in Abschnitt 3.2.3).…”

“…Tandem-SH2-Domänen der Syk-Kinase wurden in allen drei Modi mit Phosphotyrosin-haltigen KpYETLG-Motiven systematisch untersucht. [139] Eine räumliche Rasterung des Östrogenrezeptors mit Östrogenanaloga in ternären Komplexen zeigte den Abstand zwischen den Konsensusbindungstaschen auf und gab sogar Hinweise auf eine zweite hydrophobe Bindungsstelle. [150]…”