Los primates son fundamentales en la regulación y regeneración de los bosques mediante la dispersión y depredación de semillas, además, son indicadoras del estado de conservación de los ecosistemas y algunas especies son requeridas para consumo de subsistencia y comercialización como carne de monte. Por estas razones, se evaluó el estado poblacional de primates usando el método de transecto lineal ubicados en bosque inundable y tierra firme de la cuenca alta y baja del Putumayo. Recorrimos 838,8 km y se registraron diez especies de primates, nueve fueron de la cuenca alta y ocho de la cuenca baja. Las diez especies se registraron en el bosque inundable y ocho en bosque de tierra firme. La dominancia fue baja entre cuencas y hábitats, mientras entre localidades, Nuevo Belén mostró una alta dominancia debido a la abundancia de Saimiri macrodon. Las densidades poblacionales más altas correspondieron a S. macrodon (14,69 ind./km2) y Leontocebus nigricollis nigricollis (7,83 ind./km2), y la más baja a Cebuella pygmaea pygmaea (0,04 ind./km2). Entre hábitats existe diferencia poblacional de primates (ANOSIM, p= 0,001), donde Leontocebus nigricollis nigricollis fue abundante en bosque inundable y Saimiri macrodon en tierra firme. El análisis de correlación indica que existe asociación positiva entre Pithecia napensis y Aloutta seniculus (p= 0,0004; r= 0,73). En conclusión, como las densidades poblaciones de los primates grandes son bajas es necesario evaluar la implementación de estrategias de conservación en acorde a la fauna silvestre y comunidades nativas asentadas en esta parte de la Amazonía peruana.