La productividad puede verse afectada por distintos factores como la intensidad de uso de los factores capital, trabajo e insumos intermedios. El objetivo de esta investigación fue establecer las brechas productivas a través de la Productividad Total de los Factores (PTF) del sector transporte durante el periodo 2012-2021. Para ello, se estima la función de producción Cobb-Douglas, utilizando indicadores como activo fijo neto, trabajo e insumos intermedios. Se utilizó el Método Generalizado de Momentos (GMM-SYS) que permite la reducción de la simultaneidad y endogeneidad de las variables. Los resultados muestran que la variable insumos intermedios como: los gastos en combustibles y lubricantes, gastos de mantenimiento y reparación, entre otros son los que contribuyen más a la producción de las empresas (medido con la variable ingresos operacionales). Los factores trabajo y capital (calculados a través de los activos fijos netos) contribuyen en menor proporción que los insumos intermedios a la producción total en la actividad del transporte, además se evidencia que la PTF tiene una relación positiva con el tamaño de la empresa. También, se ha podido evidenciar que este sector es muy competitivo o cercano a la competencia perfecta donde la mayoría de las empresas son micro; sin embargo, existen brechas de productividad entre las empresas por su tamaño siendo las grandes las más productivas y, entre estas y las microempresas se muestra la mayor brecha a pesar de que las microempresas son las que absorben la mayor cantidad de empleo.