Este trabajo analiza el Fondo Nacional de Desarrollo Regional (FNDR), principal instrumento de la política de desarrollo y compensación territorial en Chile. Se identifican tres problemas de diseño que dificultan el cumplimiento de su propósito. Primero, los criterios de distribución centralizan la inversión en regiones con mayor concentración demográfica. Segundo, el FNDR promueve la fragmentación regional, en cuanto aumenta el porcentaje relativo en la asignación del territorio original posterior a la división de los territorios. Y tercero, la discrecionalidad en la asignación de fondos a nivel intrarregional genera incentivos adicionales a la fragmentación, en cuanto privilegia la distribución en las comunas más grandes de cada territorio. Este trabajo ofrece orientaciones de mejoras en el diseño del instrumento que apuntan a una mayor consistencia y a enfrentar los incentivos a la fragmentación territorial.