Dissemination of <i>Yersinia pestis</i> of Medieval Biovar in Northern, North-Western Caspian Sea Region and Fore-Caucasus in the second Half of the Twentieth Century

Abstract

раСПроСтранение Yersinia pestis СредневеКового Биовара в Северном, Северо-ЗаПадном ПриКаСПии и ПредКавКаЗье во второй Половине XX веКа 1 ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов, Российская Федерация; 2 РГП на ПХВ «Национальный научный центр особо опасных инфекций им. М. Айкимбаева» Министерства здравоохранения Республики Казахстан, Алматы, Республика Казахстан; 3 РГУ «Уральская противочумная станция» Комитета охраны общественного здоровья Министерства здравоохранения Республики Казахстан, Уральск, Республика Казахстан цель работы -установление происхождения штаммов Y. pestis, получивших распространение в природных очагах чумы северного, северо-западного прикаспия и предкавказья во второй половине XX века. материалы и методы. проведено исследование свойств и полногеномное секвенирование 22 штаммов Y. pestis, выделенных в 1923-2003 гг. в пяти природных очагах сусликового типа, расположенных в северном и северо-западном прикаспии и предкавказье. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP анализа на основе 1348 выявленных SNPs. поиск SNPs в коровом геноме проведен с помощью программы Wombac 2.0. для анализа филогенетических связей штаммов использована дендрограмма Maximum Likelihood, модель GTR. результаты и обсуждение. все исследованные штаммы из очагов северного, северо-западного прикаспия и предкавказья относятся к филогенетической ветви 2.MED1 средневекового биовара возбудителя чумы. по данным полногеномного SNP анализа выявлено наличие двух групп близкородственных штаммов, включающих штаммы 1923-1945 и 1962-2003 гг. предшественниками штаммов 1962-2003 гг. из северного, северо-западного прикаспия и предкавказья на филогенетическом дереве являются штаммы из северного приаралья 1945 г. это свидетельствует о том, что синхронная активизация группы природных очагов прикаспийской низменности и предкавказья в 1975-1979 гг., после длительных 20-37-летних перерывов, могла быть вызвана распространением штаммов из северного приаралья. данные эпизоотических наблюдений указывают на то, что активизация волго-уральского песчаного очага чумы в 60-х годах прошлого столетия предшествовала началу регистрации эпизоотий чумы на территории природных очагов сусликового типа в северном, северо-западном прикаспии и в предкавказье.Ключевые слова: возбудитель чумы, природные очаги прикаспия, штаммы, распространение.Abstract.

MLVA25-Typed Yersinia pestis ssp. central asiatica biovar altaica Genotype Structure in Gorno-Altai Mountain Natural Plague Focus

“…исследования, выполняемые в этом направлении, проводятся во многих частях ареала Y. pestis. показано, что географическое распространение определенных геновариантов и генотипов соответствует конкретным природным очагам чумы или их группам [3][4][5][6][7][8][9][10][11][12][13][14][15][16]. третье -оценка пространственного генотипического разнообразия чумного микроба, циркулирующего в автономном природном очаге.…”

“…особый интерес в рамках проблемы природной очаговости чумы представляет вопрос, касающийся изменения генотипического состава Y. pestis в пределах природного очага во времени. в нескольких очагах выявлены такие преобразования и отмечена их связь с эпизоотической активностью [10,15,16].…”

“…в очаге чумы на мадагаскаре отдельные генотипы исчезают или их встречаемость уменьшается, тогда как другие вновь возникают и получают распространение [10]. принципиально другой механизм трансформации генотипического состава чумного микроба выявлен в ряде природных очагов европейской части россии и казахстана при проведении филогенетического анализа SNP [15,16]. после многолетних перерывов эпизоотической активности в них произошли резкие изменения генотипических характеристик возбудителя, вновь получившего здесь распространение в результате заноса с другой энзоотичной по чуме территории.…”