The aim of this study was to establish an analytical method for the determination of E,E-farnesol and squalene in makgeolli, which is a traditional type of Korean fermented rice wine. E,E-farnesol and squalene in makgeolli were extracted using stir bar sorptive extraction (SBSE) coupled with gas chromatography-mass spectrometry. SBSE was found to be an effective method for analyzing the E,E-farnesol and squalene levels in makgeolli. The linear dynamic range of the SBSE method for detecting E,E-farnesol and squalene ranged from 0.5 to 200 ng/mL with R 2 = 0.9974 for E,E-farnesol and 100 to 50000 ng/mL with R 2 = 0.9982 for squalene.The limit of detection and the limit of quantification using the SBSE method were 0.1 and 0.5 ng/mL for E,Efarnesol and 15.0 and 40.0 ng/mL for squalene, respectively. The average recoveries obtained were, quantitatively, 101-107% for E,E-farnesol and 98-103% for squalene, respectively, supporting the accuracy of the SBSE-GCMS method.요 약: 전통주류의 한가지인 막걸리 중의 기능성 성분인 E,E-farnesol과 squalene를 분석하는 방법을 확 립하였다. 막걸리에 들어있는 E,E-farnesol과 squalene은 stir bar sorptive extraction (SBSE)와 GC-MS를 사 용 분석하였다. SBSE방법은 막걸리 중의 E,E-farnesol과 squalene함량을 분석하는데 매우 효율적이었다. 이 두 성분을 SBSE법으로 분석하였을 때 E,E-farnesol은 0.5-200 ng/mL (R 2 =0.9974) 범위에서squalene은 100-50000 ng/mL (R 2 =0.9982)에서 직선성을 보였다. SBSE법으로 분석할 경우 E,E-farnesol과 squalene의 limit of detection (LOD)와 limit of quantification (LOQ)는 각각 0.1 과 0.5 ng/mL 및 15.0과 40.0 ng/mL 이 었다. SBSE법에 의한 E,E-farnesol과 squalene의 회수율은 각각101-107%와 98-103%로 정확도가 매우 높 았다.