El objetivo de este estudio retrospectivo fue determinar malformaciones congénitas mediante resonancia magnética en 147 canes sometidos a un estudio de encéfalo por recomendación médica entre 2017 y 2022 en Quito, Ecuador. El resultado fue relacionado con el sexo, la edad y la raza de cada paciente. Se identificaron 16 pacientes mediante resonancia magnética con presencia de malformaciones congénitas. El grupo etario para estas patologías fue entre los 3 meses y 7 años y solo se encontró 1 paciente mayor de 7 años. La lesión que se diagnosticó con más frecuencia fue hidrocefalia, 8,2% (n=12/147); seguida por malformación de Chiari–Like, 1,4% (n=2/147); un diagnóstico de disgenesia de cuerpo calloso, 0,7% (n=1/147); y 1 caso de alteración del septum pellucidum, 0,7% (n=1/147). La hidrocefalia se presentó con mayor frecuencia entre los 3 meses y los 7 años en perros de raza Pug, Bulldog Inglés y braquiocefálicos. En segundo lugar, están las malformaciones de Chiari, cuya edad de diagnóstico fue de 1 a 7 años, diagnosticadas en un paciente braquiocefálico de raza Chihuahua y un paciente mesocefálico de raza Yorkshire Terrier. Las lesiones diagnosticadas con mayor frecuencia fueron la hidrocefalia (8,2%) y malformación de Chiari (1,4%), con una edad de aparición en su mayoría hasta los 7 años.