La contaminación del aire de los ambientes de trabajo es un problema resaltante a nivel mundial, constituyéndose en un fenómeno con incidencia en la salud del trabajador a través de infecciones y enfermedades crónicas, lo cual produce una reducción de la esperanza de vida de las personas, así como pérdidas económicas por el ausentismo laboral que provoca. En este sentido el objetivo de la presente investigación fue cuantificar la microbiota bacteriana del aire interior de unidades académico administrativas de la Universidad Central del Ecuador. El diseño experimental aplicado fue el de una investigación exploratoria, observacional descriptiva. Se recolectaron 304 muestras en 38 sitios seleccionados. Se utilizó como técnica de muestreo la deposición por gravedad utilizando placas Compact Dry® para bacterias aerobias, expuestas por diez minutos en cada uno de los ambientes seleccionados, incubándose posteriormente a 37°C durante un máximo de 7 días. La cuantificación de bacterias aerobias se expresó en unidades formadoras de colonias por metro cubico. Los valores promedios más altos de colonias bacterianas se obtuvieron en los ambientes de las facultades de ciencias administrativas (8,40 x 102), filosofía (8,30 x 102), comunicación social (7,40 x 102) y del hospital del día universitario (7,52 x 102). Los resultados evidencian la presencia de una microbiota bacteriana en el aire interior de la mayoría de las instalaciones de la Universidad Central del Ecuador dentro de los límites establecidos a nivel internacional, lo cual representa un riesgo bajo para la salud de los usuarios.